################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 43 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" library(inveRsion) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 50 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" hap <- system.file("extdata", "haplotypesROI.txt", package = "inveRsion") ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 57 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" hapCode<-codeHaplo(blockSize=5,file=hap, minAllele=0.3,saveRes=TRUE) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 69 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" window<-0.5 scanRes<-scanInv(hapCode,window=window,saveRes=TRUE) scanRes ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 77 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" plot(scanRes,which="b",thBic=-Inf) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 86 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" invList<-listInv(scanRes,hapCode=hapCode,geno=FALSE,all=FALSE,thBic=0) invList ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 92 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,bin=FALSE,geno=FALSE) r[1:10] ################################################### ### chunk number 8: ################################################### #line 99 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" plot(invList,wROI=1) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 107 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,geno=TRUE) r[1:10,] ################################################### ### chunk number 10: ################################################### #line 113 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" mem <- system.file("extdata", "mem.txt", package = "inveRsion") ac<-accBic(invList,classFile=mem,nsub=1000,npoints=10) ac ################################################### ### chunk number 11: ################################################### #line 119 "vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw" r<-getClassif(invList,thBic=2000, wROI=1,geno=TRUE) r[1:10,]