################################################### ### chunk number 1: prepare ################################################### #line 65 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" options(length=60, stringsAsFactors=FALSE) set.seed(123) options(SweaveHooks=list( along=function() par(mar=c(2.5,4.2,4,1.5), font.lab=2), pie=function() par(mar=c(0, 0, 0, 3.7), font=2))) ################################################### ### chunk number 2: loadpackage ################################################### #line 88 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" library("girafe") library("RColorBrewer") ################################################### ### chunk number 3: setUp ################################################### #line 117 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" exDir <- system.file("extdata", package="girafe") ### load object describing annotated mouse genome features: load(file.path(exDir, "mgi_gi.RData")) ################################################### ### chunk number 4: loadReads ################################################### #line 127 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" ra23.wa <- readFastq(dirPath=exDir, pattern= "aravinSRNA_23_plus_adapter_excerpt.fastq") ################################################### ### chunk number 5: showReads ################################################### #line 131 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" show(ra23.wa) ################################################### ### chunk number 6: trimAdapter ################################################### #line 142 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" adapter <- "CTGTAGGCACCATCAAT" ra23.na <- trimAdapter(ra23.wa, adapter) show(ra23.na) ################################################### ### chunk number 7: readAligned ################################################### #line 160 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" exA <- readAligned(dirPath=exDir, type="Bowtie", pattern="aravinSRNA_23_no_adapter_excerpt_mm9_unmasked.bwtmap") show(exA) ################################################### ### chunk number 8: convertAligned ################################################### #line 170 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" exAI <- as(exA, "AlignedGenomeIntervals") organism(exAI) <- "Mm" ################################################### ### chunk number 9: showExAI ################################################### #line 177 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" show(exAI) ################################################### ### chunk number 10: tabChromosomes ################################################### #line 182 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" table(seq_name(exAI)) ################################################### ### chunk number 11: showSubset ################################################### #line 188 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" detail(exAI[seq_name(exAI)=="chrMT"]) ################################################### ### chunk number 12: setupToy ################################################### #line 232 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" D <- AlignedGenomeIntervals( start=c(1,3,4,5,8,10,11), end=c(5,5,6,8,9,11,13), chromosome=rep(c("chr1","chr2","chr3"), c(2,2,3)), strand=c("-","-","+","+","+","+","+"), sequence=c("ACATT","ACA","CGT","GTAA","AG","CT","TTT"), reads=rep(1,7), matches=c(rep(1,6),3)) detail(D) ################################################### ### chunk number 13: showReduceToy ################################################### #line 244 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" detail(reduce(D)) ################################################### ### chunk number 14: showReduceData ################################################### #line 253 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" S <- exAI[seq_name(exAI)=="chrX" & matches(exAI)==1L & exAI[,1]>1e8] detail(S) ################################################### ### chunk number 15: showReduceData2 ################################################### #line 261 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" detail(reduce(S)) ################################################### ### chunk number 16: reduceExample3 ################################################### #line 277 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" S2 <- exAI[seq_name(exAI)=="chr11" & matches(exAI)==1L & exAI[,1]>8e7] detail(S2) detail(reduce(S2, method="exact")) ################################################### ### chunk number 17: plotAI ################################################### #line 300 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" plot(exAI, mgi.gi, chr="chrX", start=50400000, end=50410000, show="minus") ################################################### ### chunk number 18: examplePerWindow ################################################### #line 339 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" exPX <- perWindow(exAI, chr="chrX", winsize=1e5, step=0.5e5) head(exPX[order(exPX$n.overlap, decreasing=TRUE),]) ################################################### ### chunk number 19: exportBed eval=FALSE ################################################### ## #line 360 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" ## export(exAI, con="export.bed", ## format="bed", name="example_reads", ## description="Example reads", ## color="100,100,255", visibility="pack") ################################################### ### chunk number 20: getIntervalOverlap ################################################### #line 393 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" exOv <- interval_overlap(exAI, mgi.gi) ################################################### ### chunk number 21: tableOverlap ################################################### #line 399 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" table(listLen(exOv)) ################################################### ### chunk number 22: show12Elements ################################################### #line 406 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" mgi.gi$ID[exOv[[which.max(listLen(exOv))]]] ################################################### ### chunk number 23: computeTabOv ################################################### #line 413 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" (tabOv <- table(as.character(mgi.gi$type)[unlist(exOv)])) ################################################### ### chunk number 24: displayPie ################################################### #line 419 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" my.cols <- brewer.pal(length(tabOv), "Set3") pie(tabOv, col=my.cols, radius=0.85) ################################################### ### chunk number 25: multicoreShow eval=FALSE ################################################### ## #line 528 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" ## library("multicore") ## options("cores"=4) # adjust to your machine ## exAI.R <- reduce(exAI, mem.friendly=TRUE) ################################################### ### chunk number 26: sessionInfo ################################################### #line 576 "vignettes/girafe/inst/doc/girafe.Rnw" toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)