################################################### ### chunk number 1: loadGAIA ################################################### #line 45 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" library(gaia) ################################################### ### chunk number 2: loadMarkersData ################################################### #line 75 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" data(synthMarkers_Matrix) ################################################### ### chunk number 3: loadCNVData ################################################### #line 96 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" data(synthCNV_Matrix) ################################################### ### chunk number 4: createMarkersObject ################################################### #line 145 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" markers_obj <- load_markers(synthMarkers_Matrix) ################################################### ### chunk number 5: createCNVObject ################################################### #line 157 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" cnv_obj <- load_cnv(synthCNV_Matrix, markers_obj, 10) ################################################### ### chunk number 6: runGAIA_default ################################################### #line 183 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" results <- runGAIA(cnv_obj, markers_obj, "CompleteResults.txt") ################################################### ### chunk number 7: printResults ################################################### #line 200 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" results[which(results[,6]==min(results[,6])),] ################################################### ### chunk number 8: runGAIA_notDefault ################################################### #line 207 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" results <- runGAIA(cnv_obj, markers_obj, "Results.txt", aberrations=1, chromosomes=c(10, 11, 14), threshold=0.5) ################################################### ### chunk number 9: loadCRC ################################################### #line 217 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" data(crc_markers) data(crc) crc_markers_obj <- load_markers(crc_markers) crc_cnv_obj <- load_cnv(crc, crc_markers_obj, 30) ################################################### ### chunk number 10: runGAIA_on_CRC ################################################### #line 226 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" res <- runGAIA(crc_cnv_obj, crc_markers_obj, "crcResults.txt", chromosomes=14, hom_threshold=0.12) ################################################### ### chunk number 11: runGAIA_approx_on_CRC ################################################### #line 239 "vignettes/gaia/inst/doc/gaia.Rnw" res <- runGAIA(crc_cnv_obj, crc_markers_obj, "crc_approx_Results.txt", hom_threshold=0.12, num_iterations=5000, approximation=TRUE)