################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 68 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" library(frma) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 72 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample, summarize="median_polish") ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 92 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" library(frma) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 96 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample, summarize="robust_weighted_average") ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 116 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" ##library(frma) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 120 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" ##library(frmaExampleData) ##data(AffyBatchExample) ##object <- frma(AffyBatchExample, summarize="random_effect") ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 129 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" e <- exprs(object) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### #line 233 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" library(frma) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 237 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### #line 243 "vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw" bc <- barcode(object)