################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 119 "vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo.Rnw" library(flowCore); library(XML); library(flowFlowJo); demoLocation <- system.file("extdata", "DemoWorkspace.wsp", package="flowFlowJo"); actualFCSLoc <- system.file("extdata/fcsFiles", package="flowFlowJo"); testList <- readFlowJoList(demoLocation, altFileLocation=actualFCSLoc); ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 158 "vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo.Rnw" z <- getFlowJoGates(testList, fileNamePatterns=c("C02")); print(summary(z)); print(summary(z$filter)); ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 262 "vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo.Rnw" getFlowJoSummary(testList, gatesByFile=FALSE, removeParentalNames=TRUE); getFlowJoSummary(testList, removeParentalNames=TRUE); ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 280 "vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo.Rnw" summaryStatsObj <- collectSummaryFlowInfo(testList); ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 339 "vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo.Rnw" expDescFrame <- data.frame(Drug=c(rep("Amospho", 3), rep("Gleevec", 3), rep("Chloro", 3)), Conc=rep(c(0.001, 0.0001, 0.00001), 3), FCSFilename=dir(actualFCSLoc, full.names=TRUE), FlowJoWorkspace=rep(demoLocation, length(dir(actualFCSLoc)))); ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 357 "vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo.Rnw" flowReport <- createFlowReport(summaryStatsObj, factorsFrame=expDescFrame); print(head(flowReport));