################################################### ### chunk number 1: stage0 ################################################### #line 113 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" library(flowClust) ################################################### ### chunk number 2: stage1 ################################################### #line 116 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" data(rituximab) summary(rituximab) res1 <- flowClust(rituximab, varNames=c("FSC.H", "SSC.H"), K=1, B=100) ################################################### ### chunk number 3: stage2 ################################################### #line 125 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" rituximab2 <- rituximab[rituximab %in% res1,] res2 <- flowClust(rituximab2, varNames=c("FL1.H", "FL3.H"), K=1:6, B=100) ################################################### ### chunk number 4: stage2Result ################################################### #line 130 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" criterion(res2, "BIC") summary(res2[[3]]) ################################################### ### chunk number 5: stage2ChangeRule1 ################################################### #line 135 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" ruleOutliers(res2[[3]]) <- list(level=0.95) summary(res2[[3]]) ################################################### ### chunk number 6: stage2ChangeRule2 ################################################### #line 140 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" ruleOutliers(res2[[3]]) <- list(z.cutoff=0.6) summary(res2[[3]]) ################################################### ### chunk number 7: stage2Alternative ################################################### #line 147 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" flowClust(rituximab2, varNames=c("FL1.H", "FL3.H"), K=2, B=100, min=c(0,0), max=c(400,800)) ################################################### ### chunk number 8: stage2Scatter ################################################### #line 155 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" plot(res2[[3]], data=rituximab2, level=0.8, z.cutoff=0) ################################################### ### chunk number 9: stage2Contour ################################################### #line 162 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" res2.den <- density(res2[[3]], data=rituximab2) plot(res2.den) ################################################### ### chunk number 10: stage2Image ################################################### #line 167 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" plot(res2.den, type="image") ################################################### ### chunk number 11: stage2Hist ################################################### #line 173 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" hist(res2[[3]], data=rituximab2, subset="FL1.H") ################################################### ### chunk number 12: stage2Hist ################################################### #line 178 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" hist(res2[[3]], data=rituximab2, subset=1) ################################################### ### chunk number 13: stage2f ################################################### #line 191 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" s2filter <- tmixFilter("s2filter", c("FL1.H", "FL3.H"), K=3, B=100) res2f <- filter(rituximab2, s2filter) ################################################### ### chunk number 14: stage2fSubsetting ################################################### #line 196 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" Subset(rituximab2, res2f) split(rituximab2, res2f, population=list(sc1=1:2, sc2=3)) ################################################### ### chunk number 15: stage2fRectGate ################################################### #line 205 "vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw" rectGate <- rectangleGate(filterId="rectRegion", "FL1.H"=c(0, 400), "FL3.H"=c(0, 800)) MBCfilter <- tmixFilter("MBCfilter", c("FL1.H", "FL3.H"), K=2, B=100) filter(rituximab2, MBCfilter %subset% rectGate)