################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 113 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" library(edd) canonp <- c(.025,.05,seq(.1,.9,.1),.95,.975) iqr <- function(x) quantile(x,.75)-quantile(x,.25) rescaledQuantiles <- function(qfun,rfun,pctiles=canonp,...) { ctr <- qfun(.5,...) #sca <- qfun(.75,...)-qfun(.25,...) samp <- rfun(25000,...) sca <- mad(samp) (qfun(pctiles,...)-ctr)/sca } qN01 <- rescaledQuantiles(qnorm,rnorm) qc1 <- rescaledQuantiles(qchisq,rchisq,df=1) qt3 <- rescaledQuantiles(qt,rt,df=3) qln <- rescaledQuantiles(qlnorm,rlnorm) qu <- rescaledQuantiles(qunif,runif) qb28 <- rescaledQuantiles(qbeta,rbeta,shape1=2,shape2=8) qb82 <- rescaledQuantiles(qbeta,rbeta,shape1=8,shape2=2) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 135 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" par(mfrow=c(2,2)) plot(qN01,canonp,main="N(0,1)") plot(qc1,canonp,main="chisq(1)") plot(qt3,canonp,main="t(3)") plot(qln,canonp,main="LN(0,1)") ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 154 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" par(mfrow=c(2,2)) plot(y=qN01,x=qN01,main="N(0,1)") abline(0,1) plot(y=qc1,x=qN01,main="chisq(1)") abline(0,1) plot(y=qt3,x=qN01,main="t(3)") abline(0,1) plot(y=qln,x=qN01,main="LN(0,1)") abline(0,1) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 179 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" par(mfrow=c(2,2)) plot(canonp,qN01-qN01,main="N(0,1)") plot(canonp,qc1-qN01,main="chisq(1)") plot(canonp, qt3-qN01,main="t(3)") plot(canonp, qln-qN01,main="LN(0,1)") ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 191 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" par(mfrow=c(2,2)) plot(canonp,qu-qN01,main="U(0,1)") plot(canonp,qb28-qN01,main="Beta(2,8)") plot(canonp,qb82-qN01,main="Beta(8,2)") ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 214 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" pfq <- function(x,main) plot(x,xlab="gaussian deviate", ylab="flat QQNorm transform", ylim=c(-3,3), main=main) star <- function(x) (x-median(x))/mad(x) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 221 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" par(mfrow=c(2,2)) pfq(flatQQNorm(star(rnorm(1000))),main="N01") pfq(flatQQNorm(star(rt(1000,3))),main="t3") pfq(flatQQNorm(star(rbeta(1000,2,8))),main="B(2,8)") pfq(flatQQNorm(star(rbeta(1000,8,2))),main="B(8,2)") ################################################### ### chunk number 8: ################################################### #line 243 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" print(getSlots("eddDist")) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 259 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" print(names(eddDistList)) print(eddDistList[1:2]) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### #line 265 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" plotED(eddDistList[[3]]) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### #line 284 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" print(makeCandmat.theor( 5, eddDistList[1:3] )) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### #line 296 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" print(makeCandmat.raw( 5, 2, eddDistList[1:3] )) ################################################### ### chunk number 13: ################################################### #line 337 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" x <- rnorm(50) print(testVec(x, N01, FALSE)) print(testVec(x, LN01, FALSE)) ################################################### ### chunk number 14: ################################################### #line 345 "vignettes/edd/inst/doc/eddDetails.Rnw" plotED(LN01, data=x)