################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 106 "vignettes/clusterStab/inst/doc/clusterStab.Rnw" library(clusterStab) library(genefilter) library(fibroEset) data(fibroEset) exprs(fibroEset) <- log2(exprs(fibroEset)) filt <- cv(0.1, Inf) index <- genefilter(fibroEset, filt) fb <- fibroEset[index,] bh <- benhur(fb, 0.7, 6, seednum = 12345) #seednum only used to ensure reproducibility ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 130 "vignettes/clusterStab/inst/doc/clusterStab.Rnw" hist(bh) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 146 "vignettes/clusterStab/inst/doc/clusterStab.Rnw" plot(hclust(dist(t(exprs(fibroEset[index,])))), labels = pData(fibroEset)[,2], sub="", xlab="") ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 163 "vignettes/clusterStab/inst/doc/clusterStab.Rnw" ecdf(bh) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 176 "vignettes/clusterStab/inst/doc/clusterStab.Rnw" cmp <- clusterComp(fb, 2) cmp