################################################### ### chunk number 1: eval=FALSE ################################################### ## #line 96 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" ## library(affycoretools) ## eset <- justRMA(cdfname = "hsfocushsentrezgcdf") ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 101 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" library(affycoretools) load("exprSet2.Rdata") ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 112 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" library(limma) design <- model.matrix(~ 0 + factor(rep(1:4, each = 3))) colnames(design) <- LETTERS[1:4] contrast <- makeContrasts(A-B, C-D, levels = design) fit <- lmFit(eset, design) fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast) fit2 <- eBayes(fit2) ################################################### ### chunk number 4: eval=FALSE ################################################### ## #line 128 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" ## limma2biomaRt(eset, fit2, design, contrast, ## species = "hsapiens", pfilt = 0.05, ## interactive = FALSE) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 148 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" dt <- decideTests(fit2, method = "nestedF") rslt <- vennCounts2(dt) ################################################### ### chunk number 6: eval=FALSE ################################################### ## #line 153 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" ## dt <- decideTests(fit2, method = "nestedF") ## rslt <- vennCounts2(dt) ## vennDiagram(rslt) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 161 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" vennDiagram(rslt) ################################################### ### chunk number 8: eval=FALSE ################################################### ## #line 172 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" ## vennSelectBM(eset, design, dt, ## contrast, fit2, species = "hsapiens") ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 193 "vignettes/affycoretools/inst/doc/affycoretools_biomaRt.Rnw" library(biomaRt) annBM() mart <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl") annBM(mart, species="hsapiens") mart <- useMart("ensembl", "celegans_gene_ensembl") annBM(mart, species="celegans")