################################################### ### chunk number 1: options ################################################### #line 35 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" options(width=60) ################################################### ### chunk number 2: preliminaries ################################################### #line 39 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" library("ShortRead") ################################################### ### chunk number 3: SolexaPath-root ################################################### #line 65 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" exptPath <- system.file("extdata", package="ShortRead") ################################################### ### chunk number 4: SolexaPat ################################################### #line 71 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" sp <- SolexaPath(exptPath) sp ################################################### ### chunk number 5: firecrest ################################################### #line 80 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" imageAnalysisPath(sp) analysisPath(sp) ################################################### ### chunk number 6: readAligned-simple ################################################### #line 114 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" aln <- readAligned(sp, "s_2_export.txt") aln ################################################### ### chunk number 7: filter-egs ################################################### #line 219 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" nfilt <- nFilter() cfilt <- chromosomeFilter('chr5.fa') sfilt <- strandFilter("+") ofilt <- occurrenceFilter(withSread=FALSE) ################################################### ### chunk number 8: readAligned-filter ################################################### #line 227 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" chr5 <- readAligned(sp, "s_2_export.txt", filter=cfilt) ################################################### ### chunk number 9: readAligned-compose-filter ################################################### #line 233 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" filt <- compose(cfilt, sfilt) chr5plus <- readAligned(sp, "s_2_export.txt", filter=filt) ################################################### ### chunk number 10: AlignedRead-filter ################################################### #line 240 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" chr5 <- aln[cfilt(aln)] ################################################### ### chunk number 11: aln-sread-quality ################################################### #line 254 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" sread(aln) quality(aln) ################################################### ### chunk number 12: chromosomes ################################################### #line 287 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" whichStrand <- strand(aln) class(whichStrand) levels(whichStrand) table(whichStrand, useNA="ifany") ################################################### ### chunk number 13: alignData ################################################### #line 303 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" alignData(aln) ################################################### ### chunk number 14: varMetadata ################################################### #line 313 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" varMetadata(alignData(aln)) ################################################### ### chunk number 15: aln-okreads ################################################### #line 326 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" mapped <- !is.na(position(aln)) filtered <- alignData(aln)[["filtering"]] =="Y" sum(!mapped) / length(aln) sum(filtered) / length(aln) ################################################### ### chunk number 16: aln-failed ################################################### #line 335 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" failedAlign <- aln[filtered & !mapped] failedAlign ################################################### ### chunk number 17: sread-filter-fail-subset ################################################### #line 342 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" failedReads <- sread(aln)[filtered & !mapped] ################################################### ### chunk number 18: qa ################################################### #line 351 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" qaSummary <- qa(sp) ################################################### ### chunk number 19: eval=FALSE ################################################### ## #line 364 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" ## save(qaSummary, file="/path/to/file.rda") ################################################### ### chunk number 20: eval=FALSE ################################################### ## #line 371 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" ## library("Rmpi") ## mpi.spawn.Rslaves(nsl=8) ## qaSummary <- qa(sp) ## mpi.close.Rslaves() ################################################### ### chunk number 21: eval=FALSE ################################################### ## #line 379 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" ## library(multicore) ## qaSummary <- qa(sp) ################################################### ### chunk number 22: qa-elements ################################################### #line 393 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" qaSummary ################################################### ### chunk number 23: qa-readCounts ################################################### #line 399 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" qaSummary[["readCounts"]] qaSummary[["baseCalls"]] ################################################### ### chunk number 24: report eval=FALSE ################################################### ## #line 416 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" ## report(qaSummary, dest="/path/to/report_directory") ################################################### ### chunk number 25: export ################################################### #line 453 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" pattern <- "s_2_export.txt" fl <- file.path(analysisPath(sp), pattern) strsplit(readLines(fl, n=1), "\t") length(readLines(fl)) ################################################### ### chunk number 26: colClasses ################################################### #line 482 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" colClasses <- rep(list(NULL), 21) colClasses[9:10] <- c("DNAString", "BString") names(colClasses)[9:10] <- c("read", "quality") ################################################### ### chunk number 27: readXStringColumns ################################################### #line 493 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" cols <- readXStringColumns(analysisPath(sp), pattern, colClasses) cols ################################################### ### chunk number 28: size ################################################### #line 510 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" object.size(cols$read) object.size(as.character(cols$read)) ################################################### ### chunk number 29: fastq-format ################################################### #line 526 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" fqpattern <- "s_1_sequence.txt" fl <- file.path(analysisPath(sp), fqpattern) readLines(fl, 4) ################################################### ### chunk number 30: readFastq ################################################### #line 536 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" fq <- readFastq(sp, fqpattern) fq ################################################### ### chunk number 31: ShortReadQ ################################################### #line 543 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" reads <- sread(fq) qualities <- quality(fq) class(qualities) id(fq) ################################################### ### chunk number 32: ShortReadQ-subset ################################################### #line 556 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" fq[1:5] ################################################### ### chunk number 33: intensity-files ################################################### #line 577 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" int <- readIntensities(sp, withVariability=FALSE) int ################################################### ### chunk number 34: intensities-cycle-2 ################################################### #line 584 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" print(splom(intensity(int)[[,,2]], pch=".", cex=3)) ################################################### ### chunk number 35: tables ################################################### #line 612 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" tbls <- tables(aln) names(tbls) tbls$top[1:5] head(tbls$distribution) ################################################### ### chunk number 36: srdistance ################################################### #line 638 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" dist <- srdistance(sread(aln), names(tbls$top)[1])[[1]] table(dist)[1:10] ################################################### ### chunk number 37: aln-not-near ################################################### #line 644 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" alnSubset <- aln[dist>4] ################################################### ### chunk number 38: polya ################################################### #line 653 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" countA <- alphabetFrequency(sread(aln))[,"A"] alnNoPolyA <- aln[countA < 30] ################################################### ### chunk number 39: readSeq ################################################### #line 742 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" seqFls <- list.files(baseCallPath(sp), "_seq.txt", full=TRUE) strsplit(readLines(seqFls[[1]], 1), "\t") colClasses <- c(rep(list(NULL), 4), "DNAString") reads <- readXStringColumns(baseCallPath(sp), "s_1_0001_seq.txt", colClasses=colClasses) ################################################### ### chunk number 40: readSeq-all ################################################### #line 751 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" reads <- readXStringColumns(baseCallPath(sp), "s_1_.*_seq.txt", colClasses=colClasses) ################################################### ### chunk number 41: calcInt-demo ################################################### #line 766 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" calcInt <- function(file, cycle, verbose=FALSE) { if (verbose) cat("calcInt", file, cycle, "\n") int <- readIntensities(dirname(file), basename(file), intExtension="", withVariability=FALSE) apply(intensity(int)[,,12], 2, mean) } ################################################### ### chunk number 42: calcInt-sapply ################################################### #line 778 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" intFls <- list.files(imageAnalysisPath(sp), ".*_int.txt$", full=TRUE) lres <- lapply(intFls, calcInt, cycle=12) ################################################### ### chunk number 43: srapply-simple ################################################### #line 788 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" srres <- srapply(intFls, calcInt, cycle=12) identical(lres, srres) ################################################### ### chunk number 44: srapply-mpi eval=FALSE ################################################### ## #line 794 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" ## library("Rmpi") ## mpi.spawn.Rslaves(nsl=16) ## srres <- srapply(intFls, calcInt, cycle=12) ## mpi.close.Rslaves() ################################################### ### chunk number 45: srapply-multicore eval=FALSE ################################################### ## #line 802 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" ## library(multicore) ## srres <- srapply(intFls, calcInt, cycle=12) ################################################### ### chunk number 46: sessionInfo ################################################### #line 828 "vignettes/ShortRead/inst/doc/Overview.Rnw" toLatex(sessionInfo())