################################################### ### chunk number 1: lib ################################################### #line 66 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" library(xtable) library(RTCA) ################################################### ### chunk number 2: dataset ################################################### #line 72 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" ofile <- system.file("extdata/testOutput.csv", package="RTCA") pfile <- system.file("extdata/testOutputPhenoData.csv", package="RTCA") pData <- read.csv(pfile, sep="\t", row.names="Well") metaData <- data.frame(labelDescription=c( "Rack number", "siRNA catalogue number", "siRNA gene symbol", "siRNA EntrezGene ID", "siRNA targeting accession" )) phData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metaData) x <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData) ################################################### ### chunk number 3: dims ################################################### #line 87 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" xTimePointNo <- dim(x)[[1]] xSampleNo <- dim(x)[[2]] ################################################### ### chunk number 4: smoothTransform ################################################### #line 107 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" xSmooth <- smoothTransform(x) ################################################### ### chunk number 5: interpolationTranform ################################################### #line 125 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" xInter <- interpolationTransform(x) ################################################### ### chunk number 6: derivTransform ################################################### #line 140 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" xDeriv <- derivativeTransform(x) ################################################### ### chunk number 7: rgrTransform ################################################### #line 154 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" xRgr <- rgrTransform(x) ################################################### ### chunk number 8: sessionInfo ################################################### #line 160 "vignettes/RTCA/inst/doc/RTCAtransformation.Rnw" toLatex(sessionInfo())