################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 54 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" library(OLIN) ################################################### ### chunk number 2: eval=FALSE ################################################### ## #line 89 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## data(sw) ## fgbg.visu(sw[,3]) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 96 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" data(sw) fgbg.visu(sw[,3]) ################################################### ### chunk number 4: eval=FALSE ################################################### ## #line 113 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## plot(maA(sw[,3]),maM(sw[,3]),xlab="A",ylab="M") ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 120 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" par(cex.lab=0.6) plot(maA(sw[,3]),maM(sw[,3]),xlab="A",ylab="M",pch='.') ################################################### ### chunk number 6: eval=FALSE ################################################### ## #line 130 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## mxy.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), ## Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 138 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" mxy.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### chunk number 8: eval=FALSE ################################################### ## #line 153 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## data(sw.xy) ## mxy.abs.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 161 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" data(sw.xy) mxy.abs.plot(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### chunk number 10: eval=FALSE ################################################### ## #line 180 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## data(sw.xy) ## mxy2.plot(maM(sw)[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3], ## Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ## ################################################### ### chunk number 11: ################################################### #line 190 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" data(sw.xy) mxy2.plot(maM(sw)[,3],X=sw.xy$X[,3],sw.xy$Y[,3], Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw)) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### #line 303 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" norm.olin <- olin(sw[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3]) ################################################### ### chunk number 13: eval=FALSE ################################################### ## #line 315 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## plot(maA(norm.olin),maM(norm.olin),main="OLIN",pch=".") ## ## mxy.plot(maM(norm.olin),Ngc=maNgc(norm.olin),Ngr=maNgr(norm.olin), ## Nsc=maNsc(norm.olin),Nsr=maNsr(norm.olin),main="OLIN") ## ################################################### ### chunk number 14: ################################################### #line 328 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" par(cex.main=0.8) par(cex.lab =0.8) plot(maA(norm.olin),maM(norm.olin),main="OLIN",pch=".") ################################################### ### chunk number 15: ################################################### #line 342 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" mxy.plot(maM(norm.olin),Ngc=maNgc(norm.olin),Ngr=maNgr(norm.olin), Nsc=maNsc(norm.olin),Nsr=maNsr(norm.olin),main="OLIN") ################################################### ### chunk number 16: eval=FALSE ################################################### ## #line 357 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## norm.olin.1 <- olin(sw[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],iter=1) ## norm.olin.2 <- olin(norm.olin.1,X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],iter=1) ## norm.olin.3 <- olin(norm.olin.2,X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],iter=1) ## ## M <- cbind(maM(sw)[,3],maM(norm.olin.1),maM(norm.olin.2),maM(norm.olin.3)) ## pairs(M,labels= c("raw","1.Iter.","2.Iter.","3.Iter.")) ################################################### ### chunk number 17: ################################################### #line 385 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" norm.oslin <- olin(sw[,3],X=sw.xy$X[,3],Y=sw.xy$Y[,3],alpha=c(0.1,1,0.1),OSLIN=TRUE) ################################################### ### chunk number 18: eval=FALSE ################################################### ## #line 396 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## plot(maA(norm.oslin),maM(norm.oslin),main="OSLIN",pch=".") ## ## mxy.plot(maM(norm.oslin),Ngc=maNgc(norm.oslin),Ngr=maNgr(norm.oslin), ## Nsc=maNsc(norm.oslin),Nsr=maNsr(norm.oslin),main="OSLIN") ## ################################################### ### chunk number 19: ################################################### #line 409 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" par(cex.main=0.8) par(cex.lab =0.8) plot(maA(norm.oslin),maM(norm.oslin),main="OSLIN",pch=".") ################################################### ### chunk number 20: ################################################### #line 433 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" mxy.plot(maM(norm.oslin),Ngc=maNgc(norm.oslin),Ngr=maNgr(norm.oslin), Nsc=maNsc(norm.oslin),Nsr=maNsr(norm.oslin),main="OSLIN") ################################################### ### chunk number 21: eval=FALSE ################################################### ## #line 489 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## ## ## data(sw.olin) ## ## # DISTRIBUTION OF LOGGED RATIOS BEFORE BETWEEN-ARRAY-SCALING ## col <- c("red","blue","green","orange") ## M <- maM(sw.olin) ## ## ## plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) ## for (i in 1:3){ ## lines(density(M[,i]),col=col[i]) ## } ## ## ## # BETWEEN-ARRAY SCALING ## sw.olin.s <- bas(sw.olin,mode="var") ## ## ## # VISUALISATION ## M <- maM(sw.olin.s) ## plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) ## for (i in 1:3){ ## lines(density(M[,i]),col=col[i]) ## } ## ## ################################################### ### chunk number 22: ################################################### #line 524 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" data(sw.olin) par(cex.main =0.8) par(cex.lab=0.8) col <- c("red","blue","green","orange") M <- maM(sw.olin) plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) for (i in 1:3){ lines(density(M[,i]),col=col[i]) } ################################################### ### chunk number 23: ################################################### #line 542 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" sw.olin.s <- bas(sw.olin,mode="var") par(cex.main = 0.8) par(cex.lab = 0.8) M <- maM(sw.olin.s) plot(density(M[,4]),col=col[4],xlim=c(-2,2)) for (i in 1:3){ lines(density(M[,i]),col=col[i]) } ################################################### ### chunk number 24: ################################################### #line 585 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" A <- maA(sw[,3]) M <- maM(sw[,3]) # Averaging Mav <- ma.vector(A,M,av="median",delta=50) # Correlation cor(Mav,M,use="pairwise.complete.obs") ################################################### ### chunk number 25: ################################################### #line 596 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" # From Vector to Matrix MM <- v2m(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),visu=FALSE) # Averaging of matrix M MMav <- ma.matrix(MM,av="median",delta= 2,edgeNA=FALSE) # Backconversion to vector Mav <- m2v(MMav,Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw),Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),visu=FALSE) # Correlation cor(Mav,M,use="pairwise.complete.obs") ################################################### ### chunk number 26: ################################################### #line 619 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" print(anovaint(sw,index=3,N=10)) ################################################### ### chunk number 27: ################################################### #line 623 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" data(sw.olin) print(anovaint(sw.olin,index=3,N=10)) ################################################### ### chunk number 28: eval=FALSE ################################################### ## #line 639 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## anovaspatial(sw,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### chunk number 29: eval=FALSE ################################################### ## #line 643 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## anovaspatial(sw.olin,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### chunk number 30: ################################################### #line 649 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" s <- anovaspatial(sw,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### chunk number 31: ################################################### #line 658 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" s <- anovaspatial(sw.olin,index=3,xN=8,yN=8,visu=TRUE) ################################################### ### chunk number 32: ################################################### #line 676 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" print(anovapin(sw.olin,index=3)) ################################################### ### chunk number 33: ################################################### #line 681 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" print(anovaplate(sw.olin,index=3)) ################################################### ### chunk number 34: eval=FALSE ################################################### ## #line 719 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## FDR <- fdr.int(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],delta=50,N=10,av="median") ## sigint.plot(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### chunk number 35: ################################################### #line 728 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" FDR <- fdr.int(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],delta=50,N=10,av="median") sigint.plot(maA(sw)[,3],maM(sw)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### chunk number 36: eval=FALSE ################################################### ## #line 738 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## data(sw.olin) ## FDR <- fdr.int(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],delta=50,N=10,av="median") ## sigint.plot(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### chunk number 37: ################################################### #line 748 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" data(sw.olin) FDR <- fdr.int(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],delta=50,N=10,av="median") sigint.plot(maA(sw.olin)[,3],maM(sw.olin)[,3],FDR$FDRp,FDR$FDRn,c(-5,-5)) ################################################### ### chunk number 38: eval=FALSE ################################################### ## #line 765 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## M <- v2m(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), ## Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),main="MXY plot of SW-array 1") ## ## FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) ## sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR") ################################################### ### chunk number 39: ################################################### #line 778 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" M <- v2m(maM(sw)[,3],Ngc=maNgc(sw),Ngr=maNgr(sw), Nsc=maNsc(sw),Nsr=maNsr(sw),main="MXY plot of SW-array 1") FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR") ################################################### ### chunk number 40: eval=FALSE ################################################### ## #line 790 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" ## M<- v2m(maM(sw.olin)[,3],Ngc=maNgc(sw.olin),Ngr=maNgr(sw.olin), ## Nsc=maNsc(sw.olin),Nsr=maNsr(sw.olin),main="MXY plot of SW-array 1") ## FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) ## sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR") ################################################### ### chunk number 41: ################################################### #line 800 "vignettes/OLIN/inst/doc/OLIN.Rnw" M<- v2m(maM(sw.olin)[,3],Ngc=maNgc(sw.olin),Ngr=maNgr(sw.olin), Nsc=maNsc(sw.olin),Nsr=maNsr(sw.olin),main="MXY plot of SW-array 1") FDR <- fdr.spatial(M,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE) sigxy.plot(FDR$FDRp,FDR$FDRn,color.lim=c(-5,5),main="FDR")