################################################### ### chunk number 1: options ################################################### #line 64 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" options(prompt = " ", continue = " ", width = 85) ################################################### ### chunk number 2: loading MotIV ################################################### #line 69 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" library(MotIV) path <- system.file(package="MotIV") ################################################### ### chunk number 3: Load the database ################################################### #line 75 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep="")) ################################################### ### chunk number 4: Load database scores ################################################### #line 80 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep="")) ################################################### ### chunk number 5: Read input PWM ################################################### #line 85 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" example.motifs <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/example_motifs.txt",sep="")) ################################################### ### chunk number 6: start the analysis ################################################### #line 90 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" example.jaspar <- motifMatch(inputPWM=example.motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5) ################################################### ### chunk number 7: Viewresults ################################################### #line 95 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" summary(example.jaspar) viewAlignments(example.jaspar)[[1]] plot(example.jaspar,ncol=2,top=5) ################################################### ### chunk number 8: Viewresults ################################################### #line 102 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.filter <- setFilter(tfname="FOXA") ap1.filter <- setFilter(tfname="AP1") foxa1.ap1.filter <- foxa1.filter | ap1.filter example.filter <- filter(example.jaspar,foxa1.ap1.filter, exact=F) summary(example.filter) plot(example.filter,ncol=2,top=5) ################################################### ### chunk number 9: loading MotIV package eval=FALSE ################################################### ## #line 116 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" ## library(MotIV) ################################################### ### chunk number 10: load DB ################################################### #line 125 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep="")) ################################################### ### chunk number 11: generate scores eval=FALSE ################################################### ## #line 138 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" ## jaspar.scores <- generateDBScores(inputDB=jaspar,cc="PCC",align="SWU",nRand=1000) ################################################### ### chunk number 12: write scores eval=FALSE ################################################### ## #line 146 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" ## writeDBScores(jaspar.scores,paste(path,"/extdata/jaspar_PCC_SWU.scores",sep="")) ################################################### ### chunk number 13: read scores ################################################### #line 151 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep="")) ################################################### ### chunk number 14: load gadem object ################################################### #line 162 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" load(paste(path, "/data/FOXA1_rGADEM.rda", sep = "")) motifs <- getPWM(gadem) ################################################### ### chunk number 15: load gadem file ################################################### #line 173 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" motifs.gadem <- readGademPWMFile(paste(path,"/extdata/observedPWMs.txt",sep="")) ################################################### ### chunk number 16: load transfac file ################################################### #line 180 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" motifs.example <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/example_motifs.txt",sep="")) ################################################### ### chunk number 17: trim input ################################################### #line 187 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1) ################################################### ### chunk number 18: motiv analysis ################################################### #line 194 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5) ################################################### ### chunk number 19: motiv analysis shot ################################################### #line 200 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(motifs) ################################################### ### chunk number 20: motiv summary ################################################### #line 213 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" summary(foxa1.analysis.jaspar ) ################################################### ### chunk number 21: setFilter ################################################### #line 227 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" f.foxa1<- setFilter( tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5) f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3) ################################################### ### chunk number 22: operators ################################################### #line 239 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1 ################################################### ### chunk number 23: filter ################################################### #line 249 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE) ################################################### ### chunk number 24: split ################################################### #line 260 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE) ################################################### ### chunk number 25: combine ################################################### #line 269 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE) ################################################### ### chunk number 26: motiv_plotMotiv ################################################### #line 282 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" plot(foxa1.filter.combine ,ncol=2,top=5, rev=FALSE, main="Logo", bysim=TRUE) ################################################### ### chunk number 27: motiv alignment ################################################### #line 291 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.alignment <- viewAlignments(foxa1.filter.combine ) print(foxa1.alignment[[1]] ) ################################################### ### chunk number 28: motiv_plotDistribution ################################################### #line 300 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" plot(foxa1.filter.combine ,gadem,ncol=2, type="distribution", correction=TRUE, group=FALSE, bysim=TRUE, strand=FALSE, sort=TRUE, main="Distribution of FOXA") ################################################### ### chunk number 29: motiv_plotDistance ################################################### #line 311 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" plot(foxa1.filter.combine ,gadem,type="distance", correction=TRUE, group=TRUE, bysim=TRUE, main="Distance between FOXA and AP-1", strand=FALSE, xlim=c(-100,100), bw=8) ################################################### ### chunk number 30: rangedData ################################################### #line 326 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["FOXA1"], gadem) ap1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["AP1"], gadem) ################################################### ### chunk number 31: motiv save ################################################### #line 336 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" save(foxa1.filter.combine, file="foxa1_analysis.rda") ################################################### ### chunk number 32: motiv exportAsTransfacFile eval=FALSE ################################################### ## #line 346 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" ## exportAsTransfacFile(foxa1.filter.combine, file="foxa1_analysis") ################################################### ### chunk number 33: bedfile eval=FALSE ################################################### ## #line 355 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" ## library(rtracklayer) ## export(foxa1.rd, file="FOXA.bed") ################################################### ### chunk number 34: viewMotifs ################################################### #line 366 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" viewMotifs(foxa1.filter.combine, n=5) ################################################### ### chunk number 35: names ################################################### #line 374 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" names(foxa1.filter.combine) ################################################### ### chunk number 36: similar ################################################### #line 382 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" similarity(foxa1.filter.combine) ################################################### ### chunk number 37: select ################################################### #line 390 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.selected <- foxa1.filter.combine["FOXA1"] other.selected <- foxa1.filter.combine["FOXA1", drop=T] ################################################### ### chunk number 38: select number ################################################### #line 397 "vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw" foxa1.names <- names(foxa1.filter.combine["FOXA1"]) sum(length(gadem[foxa1.names]))