################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 50 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" library(LMGene) library(Biobase) library(tools) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 57 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" data(sample.eS) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 63 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" slotNames(sample.eS) dim(exprs(sample.eS)) exprs(sample.eS)[1:3,] phenoData(sample.eS) slotNames(phenoData(sample.eS)) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 80 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" data(sample.mat) dim(sample.mat) data(vlist) vlist ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 88 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" test.eS<-neweS(sample.mat, vlist) class(test.eS) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 104 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" tranpar <- tranest(sample.eS) tranpar ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 113 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" tranpar <- tranest(sample.eS, 100) tranpar ################################################### ### chunk number 8: ################################################### #line 125 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" trsample.eS <- transeS(sample.eS, tranpar$lambda, tranpar$alpha) exprs(sample.eS)[1:3,1:8] exprs(trsample.eS)[1:3,1:8] ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 137 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" tranparmult <- tranest(sample.eS, mult=TRUE) tranparmult ################################################### ### chunk number 10: ################################################### #line 144 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" trsample.eS <- transeS (sample.eS, tranparmult$lambda, tranparmult$alpha) exprs(trsample.eS)[1:3,1:8] ################################################### ### chunk number 11: ################################################### #line 151 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" tranparmult <- tranest(sample.eS, ngenes=100, mult=TRUE, lowessnorm=TRUE) tranparmult ################################################### ### chunk number 12: ################################################### #line 159 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" tranpar <- tranest(sample.eS, model='patient + dose + patient:dose') tranpar ################################################### ### chunk number 13: ################################################### #line 179 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" trsample.eS <- transeS (sample.eS, tranparmult$lambda, tranparmult$alpha) ntrsample.eS <- lnormeS (trsample.eS) ################################################### ### chunk number 14: ################################################### #line 187 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS) ################################################### ### chunk number 15: ################################################### #line 193 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS,level=.01) ################################################### ### chunk number 16: ################################################### #line 203 "vignettes/LMGene/inst/doc/LMGene.Rnw" sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS, model='patient+dose+patient:dose') sigprobes