################################################### ### chunk number 1: CGHnormaliterPackage ################################################### #line 13 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" options(keep.source=TRUE) CGHnormaliterPackage <- packageDescription("CGHnormaliter") ################################################### ### chunk number 2: loadData ################################################### #line 85 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" library(CGHnormaliter) data(Leukemia) ################################################### ### chunk number 3: runCGHnormaliter ################################################### #line 93 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" result <- CGHnormaliter(Leukemia, nchrom=4, cellularity=0.9) ################################################### ### chunk number 4: accessResults ################################################### #line 119 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" normalized.data <- copynumber(result) # log2 ratios segmented.data <- segmented(result) called.data <- calls(result) ################################################### ### chunk number 5: densityPlotCommand ################################################### #line 131 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" plot(density(normalized.data[, 2]), col=1, xlab="log2 ratio", main="Density plot") abline(v=0, lty=2) ################################################### ### chunk number 6: densityPlotFigure ################################################### #line 140 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" #line 131 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw#from line#140#" plot(density(normalized.data[, 2]), col=1, xlab="log2 ratio", main="Density plot") abline(v=0, lty=2) #line 141 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" ################################################### ### chunk number 7: callPlotCommand ################################################### #line 157 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1) ################################################### ### chunk number 8: callPlotFigure ################################################### #line 163 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" #line 157 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw#from line#163#" plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1) #line 164 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" ################################################### ### chunk number 9: saveNormalizedData ################################################### #line 179 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" CGHnormaliter.write.table(result) ################################################### ### chunk number 10: saveOtherData ################################################### #line 186 "vignettes/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw" CGHnormaliter.write.table(result, data.type="segmented") CGHnormaliter.write.table(result, data.type="called")