################################################### ### chunk number 1: load ################################################### #line 119 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" library(BCRANK) ################################################### ### chunk number 2: loadFasta ################################################### #line 126 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" fastaFile <- system.file("Exfiles/USF1_small.fa", package="BCRANK") ################################################### ### chunk number 3: loadResult ################################################### #line 138 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" data(BCRANKout) ################################################### ### chunk number 4: viewBCRANKresult ################################################### #line 146 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" BCRANKout ################################################### ### chunk number 5: viewTopMotif ################################################### #line 154 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" topMotif <- toptable(BCRANKout,1) topMotif ################################################### ### chunk number 6: viewWM ################################################### #line 161 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" weightMatrix <- pwm(topMotif, normalize=FALSE) weightMatrix ################################################### ### chunk number 7: fig1 ################################################### #line 169 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" weightMatrixNormalized <- pwm(topMotif, normalize=TRUE) library(seqLogo) seqLogo(weightMatrixNormalized) ################################################### ### chunk number 8: fig2 ################################################### #line 180 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" plot(topMotif) ################################################### ### chunk number 9: reportSites ################################################### #line 189 "vignettes/BCRANK/inst/doc/BCRANK.Rnw" topConsensus <- as.character(toptable(BCRANKout)[1,"Consensus"]) print(topConsensus) bindingSites <- matchingSites(fastaFile,topConsensus) nrSites <- nrow(bindingSites) cat("Number predicted binding sites:",nrSites,"\n") print(bindingSites[1:15,])