### R code from vignette source 'vignettes/scsR/inst/doc/scsR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: initialization ################################################### library(scsR) ################################################### ### code chunk number 2: scsR.Rnw:52-54 ################################################### options(SweaveHooks=list(fig=function() par(oma=c(0,3,0,0)))) ################################################### ### code chunk number 3: load_data ################################################### data(uuk_screen) data(uuk_screen_dh) data(miRBase_20) ################################################### ### code chunk number 4: headdata> ################################################### head(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 5: check_consistency ################################################### uuk_screen <- check_consistency(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 6: median_replicates ################################################### uuk_screen <- median_replicates(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 7: add_seed1 ################################################### uuk_screen <- add_seed(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 8: add_seed2 ################################################### uuk_screen_dh <- add_seed(uuk_screen_dh) ################################################### ### code chunk number 9: seed_analysis ################################################### seeds <- seeds_analysis(uuk_screen, miRBase = miRBase_20 ) ################################################### ### code chunk number 10: scsR.Rnw:124-125 ################################################### seeds=seeds[,c(1,2,3,4,5,6,7,9)] ################################################### ### code chunk number 11: head3 ################################################### head(seeds) ################################################### ### code chunk number 12: plotsh1 (eval = FALSE) ################################################### ## plot_screen_hits(arrange(add_rank_col(uuk_screen), median)) ################################################### ### code chunk number 13: plotsh3 (eval = FALSE) ################################################### ## plot_effective_seeds_head(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 14: plotseo1 (eval = FALSE) ################################################### ## plot_seeds_oligo_count(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 15: plotssc1 (eval = FALSE) ################################################### ## plot_screen_seeds_count(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 16: seed_correction (eval = FALSE) ################################################### ## screen_corrected <- seed_correction(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 17: plot_screen_hits3 (eval = FALSE) ################################################### ## plot_screen_hits(arrange(add_rank_col(screen_corrected), median)) ################################################### ### code chunk number 18: plot_seed_score_sd (eval = FALSE) ################################################### ## plot_seed_score_sd(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 19: seed_removal (eval = FALSE) ################################################### ## screen_corrected2 <- seed_removal(uuk_screen) ################################################### ### code chunk number 20: plot_screen_hits4 (eval = FALSE) ################################################### ## plot_screen_hits(arrange(add_rank_col(screen_corrected2), median)) ################################################### ### code chunk number 21: benchmark_shared_hits1 (eval = FALSE) ################################################### ## benchmark_shared_hits( ## glA=list( ## arrange(add_rank_col(uuk_screen), median)$GeneID, ## arrange(add_rank_col(uuk_screen), log_pval_rsa)$GeneID, ## arrange(add_rank_col(screen_corrected), median)$GeneID ## ), ## glB=list(arrange(add_rank_col(uuk_screen_dh), median)$GeneID), ## col=c("black", "blue", "green"), ## title="UUKUNIEMI Hela Cell Killers" ## ) ################################################### ### code chunk number 22: enrichment_heatmap1 (eval = FALSE) ################################################### ## em = enrichment_heatmap( list(arrange(add_rank_col(uuk_screen), median)$GeneID, ## arrange(add_rank_col(uuk_screen), log_pval_rsa)$GeneID, ## arrange(add_rank_col(screen_corrected), median)$GeneID ## ), ## list("No Correction", "RSA", "scsR"), ## enrichmentType="Process", output_file=NULL, ## title="UUKUNIEMI Hela Cell Killers", fdr_threshold=1e-25, ## limit=400 ## )