### R code from vignette source 'vignettes/r3Cseq/inst/doc/r3Cseq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width = 60) olocale=Sys.setlocale(locale="C") ################################################### ### code chunk number 2: r3Cseq.Rnw:204-205 ################################################### library(r3Cseq) ################################################### ### code chunk number 3: r3Cseq.Rnw:208-210 ################################################### data(Myb_prom_FL) data(Myb_prom_FB) ################################################### ### code chunk number 4: r3Cseq.Rnw:229-233 ################################################### my3Cseq.obj<-new("r3Cseq",organismName='mm9',isControlInvolved=TRUE, viewpoint_chromosome='chr10',viewpoint_primer_forward='TCTTTGTTTGATGGCATCTGTT', viewpoint_primer_reverse='AAAGGGGAGGAGAAGGAGGT',expLabel="Myb_prom_FL", contrLabel="MYb_prom_FB",restrictionEnzyme='HindIII') ################################################### ### code chunk number 5: r3Cseq.Rnw:237-239 ################################################### expRawData(my3Cseq.obj)<-exp.GRanges contrRawData(my3Cseq.obj)<-contr.GRanges ################################################### ### code chunk number 6: r3Cseq.Rnw:242-243 ################################################### my3Cseq.obj ################################################### ### code chunk number 7: r3Cseq.Rnw:248-249 ################################################### getReadCountPerRestrictionFragment(my3Cseq.obj) ################################################### ### code chunk number 8: r3Cseq.Rnw:257-258 ################################################### calculateRPM(my3Cseq.obj) ################################################### ### code chunk number 9: r3Cseq.Rnw:262-263 ################################################### getInteractions(my3Cseq.obj,fdr=0.05) ################################################### ### code chunk number 10: r3Cseq.Rnw:268-270 ################################################### fetal.liver.interactions<-expInteractionRegions(my3Cseq.obj) fetal.liver.interactions ################################################### ### code chunk number 11: r3Cseq.Rnw:273-275 ################################################### fetal.brain.interactions<-contrInteractionRegions(my3Cseq.obj) fetal.brain.interactions ################################################### ### code chunk number 12: r3Cseq.Rnw:280-282 ################################################### viewpoint<-getViewpoint(my3Cseq.obj) viewpoint ################################################### ### code chunk number 13: plotOverviewInteractions ################################################### plotOverviewInteractions(my3Cseq.obj) ################################################### ### code chunk number 14: plotInteractionsNearViewpoint ################################################### plotInteractionsNearViewpoint(my3Cseq.obj) ################################################### ### code chunk number 15: plotInteractionsPerChromosome ################################################### plotInteractionsPerChromosome(my3Cseq.obj,"chr10") ################################################### ### code chunk number 16: r3Cseq.Rnw:331-332 ################################################### #plotDomainogramNearViewpoint(my3Cseq.obj) ################################################### ### code chunk number 17: r3Cseq.Rnw:337-339 ################################################### detected_genes<-getExpInteractionsInRefseq(my3Cseq.obj) head(detected_genes) ################################################### ### code chunk number 18: r3Cseq.Rnw:345-346 ################################################### #export3Cseq2bedGraph(my3Cseq.obj) ################################################### ### code chunk number 19: r3Cseq.Rnw:354-355 ################################################### #generate3CseqReport(my3Cseq.obj) ################################################### ### code chunk number 20: r3Cseq.Rnw:372-373 ################################################### sessionInfo()