### R code from vignette source 'vignettes/quantsmooth/inst/doc/quantsmooth.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: SimplePlot ################################################### library(quantsmooth) data(chr14) plot(affy.cn[,1],pch=".") lines(quantsmooth(affy.cn[,1]),lwd=2) ################################################### ### code chunk number 2: FirstComparison ################################################### plot(affy.pos,affy.cn[,1],ylab="copy number",xlab="position",pch=".") lines(affy.pos,quantsmooth(affy.cn[,1]),lwd=2) points(bac.pos,bac.cn[,1],col="red",pch=".") lines(bac.pos,quantsmooth(bac.cn[,1]),col="red",lwd=2) points(ill.pos,ill.cn[,1],col="blue",pch=".") lines(ill.pos,quantsmooth(ill.cn[,1]),col="blue",lwd=2) legend("topleft",legend=c("affymetrix","illumina","BAC"),col=c("black","red","blue"),lty=1) ################################################### ### code chunk number 3: LambdaLengthDependent ################################################### lambda.divisor<-50 plot(affy.pos,affy.cn[,1],ylab="copy number",xlab="position",pch=".") lines(affy.pos,quantsmooth(affy.cn[,1],smooth.lambda=length(affy.pos)/lambda.divisor),lwd=2) points(bac.pos,bac.cn[,1],col="red",pch=".") lines(bac.pos,quantsmooth(bac.cn[,1],smooth.lambda=length(bac.pos)/lambda.divisor),col="red",lwd=2) points(ill.pos,ill.cn[,1],col="blue",pch=".") lines(ill.pos,quantsmooth(ill.cn[,1],smooth.lambda=length(ill.pos)/lambda.divisor),col="blue",lwd=2) legend("topleft",legend=c("affymetrix","illumina","BAC"),col=c("black","red","blue"),lty=1) ################################################### ### code chunk number 4: Crossvalidation ################################################### lambdas<-2^seq(from=-2,to=5,by=0.25) lambda.res <- rep(NA, length(lambdas)) for (lambda in 1:length(lambdas)) lambda.res[lambda] <- quantsmooth.cv(bac.cn[,1], lambdas[lambda]) plot(lambdas,lambda.res,type="l") abline(v=lambdas[which.min(lambda.res)]) ################################################### ### code chunk number 5: PercentileSmoothing ################################################### plot(bac.pos,quantsmooth(bac.cn[,1],smooth.lambda=length(bac.pos)/lambda.divisor),col="red",type="l",lwd=2) lines(bac.pos,quantsmooth(bac.cn[,1],smooth.lambda=length(bac.pos)/lambda.divisor,tau=0.25),col="red",lty=2) lines(bac.pos,quantsmooth(bac.cn[,1],smooth.lambda=length(bac.pos)/lambda.divisor,tau=0.75),col="red",lty=2) ################################################### ### code chunk number 6: plotSmoothed ################################################### plotSmoothed(bac.cn,bac.pos,ylim=c(1,2.5),normalized.to=2,smooth.lambda=length(bac.pos)/lambda.divisor) ################################################### ### code chunk number 7: ChangedRegions ################################################### plotSmoothed(ill.cn[,1],ill.pos,ylim=c(1,2.5),normalized.to=2,smooth.lambda=length(ill.pos)/lambda.divisor) res<-getChangedRegions(ill.cn[,1],ill.pos,normalized.to=2,interval=0.5) segments(res[,"start"],1.0,res[,"end"],1.0,col=2,lwd=2) ################################################### ### code chunk number 8: quantsmooth.Rnw:123-124 ################################################### toLatex(sessionInfo())