### R code from vignette source 'vignettes/plw/inst/doc/HowToPLW.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: HowToPLW.Rnw:44-45 ################################################### require(plw) ################################################### ### code chunk number 2: HowToPLW.Rnw:67-68 ################################################### data(AffySpikeU95Subset) ################################################### ### code chunk number 3: HowToPLW.Rnw:70-71 ################################################### AffySpikeU95Subset ################################################### ### code chunk number 4: HowToPLW.Rnw:79-80 ################################################### pData(AffySpikeU95Subset) ################################################### ### code chunk number 5: HowToPLW.Rnw:84-87 ################################################### group<-factor(rep(letters[1:2],each=3)) design<-model.matrix(~group-1) contrast<-matrix(c(1,-1),1,2) ################################################### ### code chunk number 6: HowToPLW.Rnw:89-91 ################################################### design contrast ################################################### ### code chunk number 7: HowToPLW.Rnw:94-95 ################################################### plwFit<-plw(AffySpikeU95Subset,design=design,contrast=contrast,epsilon=1e-05) ################################################### ### code chunk number 8: HowToPLW.Rnw:97-98 ################################################### plwFit ################################################### ### code chunk number 9: HowToPLW.Rnw:115-116 ################################################### topRankSummary(plwFit,genes=spikedProbesU95) ################################################### ### code chunk number 10: HowToPLW.Rnw:119-120 ################################################### topRankSummary(plwFit,genesOfRank=11:20) ################################################### ### code chunk number 11: HowToPLW.Rnw:124-125 ################################################### topRankSummary(plwFit,nGenes=20) ################################################### ### code chunk number 12: HowToPLW.Rnw:134-135 ################################################### plotSummaryT(plwFit,genes=spikedProbesU95) ################################################### ### code chunk number 13: HowToPLW.Rnw:142-143 ################################################### plotSummaryLog2FC(plwFit,nGenes=15) ################################################### ### code chunk number 14: HowToPLW.Rnw:161-162 ################################################### varHistPlot(plwFit) ################################################### ### code chunk number 15: HowToPLW.Rnw:170-171 ################################################### scaleParameterPlot(plwFit) ################################################### ### code chunk number 16: HowToPLW.Rnw:187-195 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://www.math.chalmers.se/~astrandm/plw/GetApoAIdata.R") ## RG <- GetApoAIdata() ## require(limma) ## MA <- normalizeWithinArrays(RG) ## rownames(MA$M) <- MA$genes$Name ## ii <- apply(is.na(MA$M),1,any) ## MA$A <- MA$A[!ii,] ## MA$M <- MA$M[!ii,] ################################################### ### code chunk number 17: HowToPLW.Rnw:201-203 (eval = FALSE) ################################################### ## design <- cbind("Control-Ref"=1,"KO-Control"=MA$targets$Cy5=="ApoAI KO") ## contrast <- matrix(0:1,ncol=2) ################################################### ### code chunk number 18: HowToPLW.Rnw:205-207 (eval = FALSE) ################################################### ## design ## contrast ################################################### ### code chunk number 19: HowToPLW.Rnw:215-218 (eval = FALSE) ################################################### ## meanX <- apply(MA$A,1,mean) ## knots <- quantile(meanX,seq(0.1,0.9,by=0.2)) ## lmwFit <- lmw(MA$M,design=design,contrast=contrast,meanX=meanX,knots=knots) ################################################### ### code chunk number 20: HowToPLW.Rnw:220-221 (eval = FALSE) ################################################### ## lmwFit ################################################### ### code chunk number 21: HowToPLW.Rnw:224-225 (eval = FALSE) ################################################### ## topRankSummary(lmwFit,nGenes=10)