### R code from vignette source 'vignettes/omicade4/inst/doc/omicade4.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: load_lib_data ################################################### library(omicade4) data(NCI60_4arrays) ################################################### ### code chunk number 3: check_col_number ################################################### sapply(NCI60_4arrays, dim) ################################################### ### code chunk number 4: Check_col_order ################################################### all(apply((x <- sapply(NCI60_4arrays, colnames))[,-1], 2, function(y) identical(y, x[,1]))) ################################################### ### code chunk number 5: cluster_data_separately ################################################### layout(matrix(1:4, 1, 4)) par(mar=c(2, 1, 0.1, 6)) for (df in NCI60_4arrays) { d <- dist(t(df)) hcl <- hclust(d) dend <- as.dendrogram(hcl) plot(dend, horiz=TRUE) } ################################################### ### code chunk number 6: MCIA ################################################### mcoin <- mcia(NCI60_4arrays, cia.nf=10) class(mcoin) ################################################### ### code chunk number 7: get_cancertype ################################################### cancer_type <- colnames(NCI60_4arrays$agilent) cancer_type <- sapply(strsplit(cancer_type, split="\\."), function(x) x[1]) cancer_type ################################################### ### code chunk number 8: plot_mcia_cancertype ################################################### plot(mcoin, axes=1:2, phenovec=cancer_type, sample.lab=FALSE, df.color=1:4) ################################################### ### code chunk number 9: selectvar_mcia_melan ################################################### melan_gene <- selectVar(mcoin, a1.lim=c(2, Inf), a2.lim=c(-Inf, Inf)) melan_gene ################################################### ### code chunk number 10: plot_mcia_axes ################################################### plot(mcoin, axes=c(1, 3), phenovec=cancer_type, sample.lab=FALSE, df.color=1:4) plot(mcoin, axes=c(2, 3), phenovec=cancer_type, sample.lab=FALSE, df.color=1:4) ################################################### ### code chunk number 11: plotvar_mcia ################################################### geneStat <- plotVar(mcoin, var=c("S100B", "S100A1"), var.lab=TRUE)