### R code from vignette source 'vignettes/illuminaio/inst/doc/illuminaio.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: loadData ################################################### library(illuminaio) library(IlluminaDataTestFiles) idatFile <- system.file("extdata", "idat", "4343238080_A_Grn.idat", package = "IlluminaDataTestFiles") idat <- readIDAT(idatFile) ################################################### ### code chunk number 3: exploreData ################################################### names(idat) ################################################### ### code chunk number 4: printQuants ################################################### idatData <- idat$Quants head(idatData) ################################################### ### code chunk number 5: readGenotyping ################################################### genotypeIdatFile <- system.file("extdata", "idat", "5723646052_R02C02_Grn.idat", package = "IlluminaDataTestFiles") genotypeIdat <- readIDAT(genotypeIdatFile) names(genotypeIdat) ################################################### ### code chunk number 6: printGenotypingQuants ################################################### head(genotypeIdat$Quants) ################################################### ### code chunk number 7: ImportGenomeStudio ################################################### gsFile <- system.file("extdata", "gs", "4343238080_A_ProbeSummary.txt.gz", package = "IlluminaDataTestFiles") gStudio <- read.delim(gsFile, sep = "\t", header = TRUE) idatData <- idatData[which(idatData[,"CodesBinData"] %in% gStudio[,"ProbeID"]),] gStudio <- gStudio[match(idatData[,"CodesBinData"], gStudio[,"ProbeID"]),] ################################################### ### code chunk number 8: figureComparingValues ################################################### par(mfrow = c(1,2)) plot(idatData[, "MeanBinData"], gStudio[, "X4343238080_A.AVG_Signal"], xlab = "illuminaio", ylab = "GenomeStudio") identical(idatData[, "MeanBinData"], gStudio[, "X4343238080_A.AVG_Signal"]) hist(idatData[, "MeanBinData"]- gStudio[, "X4343238080_A.AVG_Signal"], breaks = 100, main = "", xlab = "Difference") ################################################### ### code chunk number 9: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())