### R code from vignette source 'vignettes/flowClust/inst/doc/flowClust.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: stage0 ################################################### library(parallel) library(flowClust) ################################################### ### code chunk number 2: stage1 ################################################### data(rituximab) summary(rituximab) res1 <- flowClust(rituximab, varNames=c("FSC.H", "SSC.H"), K=1, B=100) ################################################### ### code chunk number 3: stage2 ################################################### rituximab2 <- rituximab[rituximab %in% res1,] res2 <- flowClust(rituximab2, varNames=c("FL1.H", "FL3.H"), K=1:6, B=100) ################################################### ### code chunk number 4: stage2Result ################################################### criterion(res2, "BIC") summary(res2[[3]]) ################################################### ### code chunk number 5: stage2ChangeRule1 ################################################### ruleOutliers(res2[[3]]) <- list(level=0.95) summary(res2[[3]]) ################################################### ### code chunk number 6: stage2ChangeRule2 ################################################### ruleOutliers(res2[[3]]) <- list(z.cutoff=0.6) summary(res2[[3]]) ################################################### ### code chunk number 7: stage2Alternative ################################################### flowClust(rituximab2, varNames=c("FL1.H", "FL3.H"), K=2, B=100, min=c(0,0), max=c(400,800)) ################################################### ### code chunk number 8: stage2Scatter ################################################### plot(res2[[3]], data=rituximab2, level=0.8, z.cutoff=0) ################################################### ### code chunk number 9: stage2Contour ################################################### res2.den <- density(res2[[3]], data=rituximab2) plot(res2.den) ################################################### ### code chunk number 10: stage2Image ################################################### plot(res2.den, type="image") ################################################### ### code chunk number 11: stage2Hist ################################################### hist(res2[[3]], data=rituximab2, subset="FL1.H") ################################################### ### code chunk number 12: stage2Hist ################################################### hist(res2[[3]], data=rituximab2, subset=1) ################################################### ### code chunk number 13: stage2f ################################################### s2filter <- tmixFilter("s2filter", c("FL1.H", "FL3.H"), K=3, B=100) res2f <- filter(rituximab2, s2filter) ################################################### ### code chunk number 14: stage2fSubsetting ################################################### Subset(rituximab2, res2f) split(rituximab2, res2f, population=list(sc1=1:2, sc2=3)) ################################################### ### code chunk number 15: stage2fRectGate ################################################### rectGate <- rectangleGate(filterId="rectRegion", "FL1.H"=c(0, 400), "FL3.H"=c(0, 800)) MBCfilter <- tmixFilter("MBCfilter", c("FL1.H", "FL3.H"), K=2, B=100) filter(rituximab2, MBCfilter %subset% rectGate) ################################################### ### code chunk number 16: priors ################################################### prior<-flowClust2Prior(res2[[2]],kappa=1,Nt=5000) prior2<-prior prior2$Mu0[1,]<-rep(box(200,prior2$lambda),2) prior2$Lambda0<-prior2$Lambda0/2 pfit2<-flowClust(rituximab2,varNames=c("FL1.H","FL3.H"),K=2,prior=prior2,usePrior="yes") par(mfrow=c(1,2)) plot(res2[[2]],data=rituximab2) plot(pfit2,data=rituximab2)