### R code from vignette source 'vignettes/flowCL/inst/doc/flowCL.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadlibs ################################################### library("flowCL") ################################################### ### code chunk number 2: Parents_query_archive ################################################### data(Parents_query_archive, Parents_Names) dir.create ( paste(getwd(),"/flowCL_results/parents_query",sep=""), showWarnings=FALSE, recursive=TRUE ) for (j in 1:length(Parents_Names)) write.table(Parents_query_archive[[j]],paste(getwd(),"/flowCL_results/parents_query/", Parents_Names[[j]], sep=""), sep=",", row.names = FALSE) ################################################### ### code chunk number 3: Date ################################################### Res <- flowCL("Date") ################################################### ### code chunk number 4: CCR7+CD45RA+_with_visual ################################################### Res <- flowCL("CCR7+CD45RA+") Res$Table tmp <- Res$'CCR7+CD45RA+' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) ################################################### ### code chunk number 5: CCR7+CD45RA+_without_visual ################################################### Res <- flowCL("CCR7+CD45RA+", VisualSkip = TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: CCR7+CD45RA+CD8+ ################################################### Res <- flowCL("CCR7+CD45RA+CD8+", CompInfo = TRUE, OntolNamesTD = TRUE) tmp <- Res$'CCR7+CD45RA+CD8+' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) ################################################### ### code chunk number 7: HIPC1 ################################################### Res <- flowCL("HIPC", Indices=c(73,54,50), MaxHitsPht=7) tmp <- Res$'CD3+CD4+CD127-CD25+' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) ################################################### ### code chunk number 8: HIPC2 ################################################### tmp <- Res$'CD3+CD4+CD8-CCR7-CD45RA-' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) ################################################### ### code chunk number 9: HIPC3 ################################################### tmp <- Res$'CD3-CD19+CD20+CD38+CD24+' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) Res$Table ################################################### ### code chunk number 10: CD3+CD4+CD8-CCR7-CD45RA- ################################################### x <-"CD3+CD4+CD8-CCR7-CD45RA-" Res <- flowCL(x) Res$Cell_Label[[x]][[1]]