### R code from vignette source 'vignettes/flagme/inst/doc/flagme.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: libraries ################################################### require(gcspikelite) library(flagme) ################################################### ### code chunk number 2: rawdata ################################################### gcmsPath<-paste(find.package("gcspikelite"),"data",sep="/") data(targets) cdfFiles<-paste(gcmsPath,targets$FileName,sep="/") eluFiles<-gsub("CDF","ELU",cdfFiles) pd<-peaksDataset(cdfFiles,mz=seq(50,550),rtrange=c(7.5,8.5)) pd<-addAMDISPeaks(pd,eluFiles) pd ################################################### ### code chunk number 3: plotexample1 ################################################### plot(pd,rtrange=c(7.5,8.5),plotPeaks=TRUE,plotPeakLabels=TRUE,max.near=8,how.near=.5,col=rep(c("blue","red","black"),each=3)) ################################################### ### code chunk number 4: plotexample2 ################################################### r<-1 plotImage(pd,run=r,rtrange=c(7.5,8.5),main="") v<-which(pd@peaksdata[[r]]>0,arr.ind=TRUE) # find detected peaks abline(v=pd@peaksrt[[r]]) points(pd@peaksrt[[r]][v[,2]],pd@mz[v[,1]],pch=19,cex=.6,col="white") ################################################### ### code chunk number 5: pairwisealignexample ################################################### Ds<-c(0.1,10,0.1,0.1) gaps<-c(0.5,0.5,0.1,0.9) par(mfrow=c(2,2),mai=c(0.8466,0.4806,0.4806,0.1486)) for(i in 1:4) { pa<-peaksAlignment(pd@peaksdata[[1]],pd@peaksdata[[2]],pd@peaksrt[[1]],pd@peaksrt[[2]],D=Ds[i],gap=gaps[i]) plot(pa,xlim=c(0,17),ylim=c(0,16),matchCol="yellow",main=paste("D=",Ds[i]," gap=",gaps[i],sep="")) } ################################################### ### code chunk number 6: multiplealignment ################################################### print(targets) ma<-multipleAlignment(pd,group=targets$Group,wn.gap=0.5,wn.D=.05,bw.gap=.6,bw.D=0.05,usePeaks=TRUE,filterMin=2,df=50,verbose=FALSE) ma ################################################### ### code chunk number 7: multiplealignmentfig ################################################### plot(pd,rtrange=c(7.5,8.5),runs=ma@betweenAlignment@runs,mind=ma@betweenAlignment@ind,plotPeaks=TRUE,plotPeakLabels=TRUE,max.near=8,how.near=.5,col=rep(c("blue","red","black"),each=3)) ################################################### ### code chunk number 8: multiplealignmentres ################################################### ma@betweenAlignment@runs ma@betweenAlignment@ind ################################################### ### code chunk number 9: alignmentres ################################################### outList<-gatherInfo(pd,ma) outList[[8]] rtmat<-matrix(unlist(lapply(outList,.subset,"rt"),use.names=FALSE),nr=length(outList),byrow=TRUE) colnames(rtmat)<-names(outList[[1]]$rt); rownames(rtmat)<-1:nrow(rtmat) round(rtmat,3) ################################################### ### code chunk number 10: session ################################################### sessionInfo() date()