### R code from vignette source 'vignettes/domainsignatures/inst/doc/domainenrichment.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: KeggMapping ################################################### library(domainsignatures) keggMap <- mget(grep("^hsa", ls(KEGGPATHID2EXTID), value=TRUE), KEGGPATHID2EXTID) univGenes <- unique(unlist(keggMap)) randGenes <- sample(univGenes, 30) pwLength <- listLen(keggMap) randPw <- "hsa04330" set.seed(123) pwGenes <- sample(keggMap[[randPw]], 10) ################################################### ### code chunk number 2: gseaprep ################################################### geneset <- c(randGenes, pwGenes) universe <- getKEGGdata(univGenes) universe ################################################### ### code chunk number 3: gseashow (eval = FALSE) ################################################### ## res <- gseDomain(dataSource=universe, geneset=geneset, n=1000) ################################################### ### code chunk number 4: gseado ################################################### ## We only run this code for testing purpos. The actual object was pre- ## computed and we only load the serialized version here. tmp <- gseDomain(universe, geneset, n=100, verbose=FALSE) load(system.file("precomp/precomp.rda", package="domainsignatures")) ################################################### ### code chunk number 5: volcano ################################################### volcData <- cbind(similarity=res$similarity, log_p=-log10(res$pvalue)) plot(volcData, main="volcano plot") sel <- which.max(res$similarity) points(volcData[sel,,drop=FALSE], pch=20, col="red") text(volcData[sel,,drop=FALSE], names(sel), pos=2) ################################################### ### code chunk number 6: thesame ################################################### names(sel) == randPw getKEGGdescription(randPw) ################################################### ### code chunk number 7: biomart ################################################### ensembl <- useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl") cMap <- getBM(attributes=c("entrezgene", "chromosome_name"), bmHeader=FALSE, filters="entrezgene", value=univGenes, mart=ensembl) cMap <- cMap[cMap$chromosome_name %in% c(as.character(1:23), "X", "Y"),] grouping <- split(cMap$chromosome_name, cMap$entrezgene) universe2 <- dataSource(grouping) geneset2 <- geneset[geneset %in% names(grouping)] ################################################### ### code chunk number 8: dsigshow (eval = FALSE) ################################################### ## ## Again, the object was precomputed for perfomance reasons ## res2 <- gseDomain(universe2, geneset2) ################################################### ### code chunk number 9: vplot2 ################################################### volcData2 <- cbind(similarity=res2$similarity, log_p=-log10(res2$pvalue)) plot(volcData2, main="volcano plot", xlim=c(0,max(unlist(res$similarity))))