### R code from vignette source 'vignettes/ddgraph/inst/doc/ddgraph.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width=70) set.seed(20) ################################################### ### code chunk number 2: toydata ################################################### library(ddgraph) data(toyExample) toyExample head(rawData(toyExample)) ################################################### ### code chunk number 3: marginal ################################################### ciTest(toyExample, "class", "A", test="fisher") ciTest(toyExample, "class", "B", test="fisher") ################################################### ### code chunk number 4: cluster ################################################### heatmap(as.matrix(rawData(toyExample)), scale="none", col=c("white", "black")) ################################################### ### code chunk number 5: cond2 ################################################### ciTest(toyExample, "class", "B", "A") ################################################### ### code chunk number 6: cond1 ################################################### ciTest(toyExample, "class", "A", "B") ################################################### ### code chunk number 7: toyfinal ################################################### res <- calcDependence(toyExample) causalNeigh <- res$nbr causalNeigh ################################################### ### code chunk number 8: data ################################################### options(width=70) set.seed(10) ################################################### ### code chunk number 9: data ################################################### library(ddgraph) data(mesoBin) names(mesoBin) head(rawData(mesoBin$VM)) ################################################### ### code chunk number 10: calcDep ################################################### data(mesoBin) calcDependence(mesoBin$VM, "ncpc", verbose=FALSE) calcDependence(mesoBin$VM, "hc-bic") ################################################### ### code chunk number 11: ncpc ################################################### data(mesoBin) res <- calcDependence(mesoBin$VM, "ncpc", verbose=FALSE) names(res) dd <- res$obj class(dd) names(dd) dd$params dd$joint ################################################### ### code chunk number 12: ddgraph-plot ################################################### plot(dd, col=TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: ddgraph-plot ################################################### combinationsTest(mesoBin$VM, c("Bin 6-8h", "Bin 8-10h"), p.adjust.method="fdr", verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 14: data-new ################################################### data <- matrix(rbinom(50, 1, 0.5), ncol=5) target <- c(0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1) d <- makeDDDataSet(data, name="example data", classLabels=target) d rawData(d) names(d) d$V1 d$class ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())