### R code from vignette source 'vignettes/XDE/inst/doc/XdeParameterClass.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: XdeParameterClass.Rnw:43-44 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: params ################################################### library(XDE) data(expressionSetList) xlist <- expressionSetList params <- new("XdeParameter", esetList=xlist, phenotypeLabel="adenoVsquamous") params ################################################### ### code chunk number 3: firstMcmc ################################################### initialValues <- firstMcmc(params) str(initialValues) ################################################### ### code chunk number 4: specifiedInitialValues ################################################### params@specifiedInitialValues ################################################### ### code chunk number 5: hyperparameters ################################################### hyperparameters(params) ################################################### ### code chunk number 6: hyperparamReplace (eval = FALSE) ################################################### ## hyperparameters(params)["alpha.a"] <- 1 ################################################### ### code chunk number 7: tuning ################################################### tuning(params) ################################################### ### code chunk number 8: changeEpsilon ################################################### tuning(params)["a"] <- tuning(params)["a"]*0.5 ################################################### ### code chunk number 9: updates ################################################### updates(params) ################################################### ### code chunk number 10: conjugacy (eval = FALSE) ################################################### ## firstMcmc(params)$B <- rep(1,3) ## updates(params)["b"] <- 0 ################################################### ### code chunk number 11: independence (eval = FALSE) ################################################### ## firstMcmc(params)$B <- rep(0, 3) ## updates(params)["b"] <- 0 ################################################### ### code chunk number 12: blockUpdates (eval = FALSE) ################################################### ## updates(params)["rAndC2"] <- 3 ################################################### ### code chunk number 13: output ################################################### output(params) ################################################### ### code chunk number 14: differentPath (eval = FALSE) ################################################### ## directory(params) <- "logFiles" ################################################### ### code chunk number 15: burnin ################################################### burnin(params) <- TRUE iterations(params) <- 5 ################################################### ### code chunk number 16: burnin2 ################################################### output(params)[2:22] <- rep(1, 21) output(params) burnin(params) <- TRUE output(params) ################################################### ### code chunk number 17: burnin3 ################################################### ##Specify a thin of 1 and save none of the parameters output(params)[2:22] <- rep(0, 21) output(params) burnin(params) <- FALSE output(params) ################################################### ### code chunk number 18: doNotSaveHugeChains ################################################### burnin(params) <- FALSE output(params)[c("nu", "DDelta", "delta", "probDelta", "sigma2", "phi")] <- 0 output(params) ################################################### ### code chunk number 19: XdeParameterClass.Rnw:538-539 ################################################### toLatex(sessionInfo())