### R code from vignette source 'vignettes/VegaMC/inst/doc/VegaMC.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: library_VegaMC ################################################### library(VegaMC) ################################################### ### code chunk number 2: copy_dataset ################################################### file.copy(system.file("example/breast_Affy500K.txt", package="VegaMC"),".") ################################################### ### code chunk number 3: runVegaMC_breast ################################################### results <- vegaMC("breast_Affy500K.txt", output_file_name="breast.analysis", beta=1, min_region_bp_size=2000, bs=5000, html=FALSE, getGenes=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: colnames_results ################################################### colnames(results) ################################################### ### code chunk number 5: Create_BAFSet ################################################### data(genoset) baf.ds = GenoSet(locData=locData.gr, lrr=fake.lrr, baf=fake.baf, pData=fake.pData, annotation="SNP6") ################################################### ### code chunk number 6: runVegaMC_BAFSet ################################################### genoset.results <- vegaMC(baf.ds, output_file_name="genoset.analysis.default", html=FALSE, getGenes=FALSE, baf=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: Create_CNSet ################################################### cn.ds = GenoSet(locData=locData.gr, lrr=fake.lrr, pData=fake.pData, annotation="SNP6") ################################################### ### code chunk number 8: runVegaMC_CNSet ################################################### genoset.results <- vegaMC(cn.ds, output_file_name="genoset.analysis.default", html=FALSE, getGenes=FALSE, baf=FALSE)