### R code from vignette source 'vignettes/SBMLR/inst/doc/quick-start.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: read ################################################### library(SBMLR) curto=readSBML(system.file("models", "curto.xml", package = "SBMLR")) head(summary(curto)$reactions) ################################################### ### code chunk number 2: save ################################################### saveSBML(curto,"curto.xml") saveSBMLR(curto,"curto.r") ################################################### ### code chunk number 3: equality ################################################### curtoX=readSBML("curto.xml") curtoR=readSBMLR("curto.r") head((curtoX==curtoR)$species) head((curtoX==curtoR)$reactions) ################################################### ### code chunk number 4: simulation ################################################### out1=sim(curto,seq(-20,0,1)) curto$species$PRPP$ic=50 out2=sim(curto,0:70) outs=data.frame(rbind(out1,out2)) attach(outs) par(mfrow=c(2,1)) plot(time,IMP,type="l",xlab="minutes",ylab="IMP (uM)") plot(time,HX,type="l",xlab="minutes",ylab="HX (uM)") par(mfrow=c(1,1)) detach(outs) ################################################### ### code chunk number 5: bumpLessXfer ################################################### curto$species$PRPP$ic=5 # return PRPP IC to its original value sim(curto,(-10):10,modulator=rep(2,37)) # bumpless transfer in concentrations since all V increase by 2 ################################################### ### code chunk number 6: unstable ################################################### sim(curto,(-10):10,modulator=c(rep(1.1,20),rep(0.9,17))) # half up, half down, not bumpless ################################################### ### code chunk number 7: folateSim ################################################### morr=readSBML(file.path(system.file(package="SBMLR"), "models/morrison.xml")) out1=sim(morr,seq(-20,0,1)) morr$species$EMTX$ic=1 # bolus of methotrexate to 1 uM out2=sim(morr,0:30) outs=data.frame(rbind(out1,out2)) attach(outs) par(mfrow=c(3,4)) plot(time,FH2b,type="l",xlab="Hours") plot(time,FH2f,type="l",xlab="Hours") plot(time,DHFRf,type="l",xlab="Hours") plot(time,DHFRtot,type="l",xlab="Hours") plot(time,CHOFH4,type="l",xlab="Hours") plot(time,FH4,type="l",xlab="Hours") plot(time,CH2FH4,type="l",xlab="Hours") plot(time,CH3FH4,type="l",xlab="Hours") plot(time,AICARsyn,type="l",xlab="Hours") plot(time,MTR,type="l",xlab="Hours") plot(time,TYMS,type="l",xlab="Hours") #plot(time,EMTX,type="l",xlab="Hours") plot(time,DHFReductase,type="l",xlab="Hours") par(mfrow=c(1,1)) detach(outs) ################################################### ### code chunk number 8: summaryDump ################################################### summary(curto) curto