### R code from vignette source 'vignettes/INPower/inst/doc/vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: start ################################################### library(INPower) ################################################### ### code chunk number 2: data file ################################################### datafile <- system.file("sampleData", "data.rda", package="INPower") ################################################### ### code chunk number 3: load data ################################################### load(datafile) data ################################################### ### code chunk number 4: SNPs ################################################### MAFs <- data[, "MAF"] betas <- data[, "Beta"] pow <- data[, "Power"] ################################################### ### code chunk number 5: call1 ################################################### INPower(MAFs, betas, pow, span=0.5, binary.outcome=FALSE, sample.size=seq(25000,125000,by=25000), signif.lvl=10^(-7), tgv=0.8, k=seq(25,125,by=25)) ################################################### ### code chunk number 6: call2 ################################################### INPower(MAFs, betas, pow, span=0.5, binary.outcome=FALSE, sample.size=seq(25000,125000,by=25000), signif.lvl=10^(-7), k=seq(25,125,by=25)) ################################################### ### code chunk number 7: call3 ################################################### INPower(MAFs, betas, pow, span=0.5, binary.outcome=FALSE, sample.size=seq(25000,125000,by=25000), signif.lvl=10^(-7), multi.stage.option=list(al=5*10^(-5), pi=0.3), tgv=0.8 , k=seq(25,125,by=25)) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### sessionInfo()