### R code from vignette source 'vignettes/GGBase/inst/doc/ggbase.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lkc ################################################### library(GGBase) getClass("smlSet") showMethods(class="smlSet", where="package:GGBase") ################################################### ### code chunk number 2: lkd ################################################### if ("GGtools" %in% installed.packages()[,1]) { s20 = getSS("GGtools", "20") s20 } ################################################### ### code chunk number 3: lkf ################################################### if (exists("s20")) { plot_EvG(genesym("CPNE1"), rsid("rs6060535"), s20) } ################################################### ### code chunk number 4: lkgt ################################################### if (exists("s20")) { # raw bytes as(smList(s20)[[1]], "matrix")[1:5,1:5] # generic calls as(smList(s20)[[1]], "character")[1:5,1:5] # risk allele (alphabetically later nucleotide) counts as(smList(s20)[[1]], "numeric")[1:5,1:5] }