### R code from vignette source 'vignettes/ExiMiR/inst/doc/ExiMiR-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ExiMiR-vignette.Rnw:693-695 ################################################### library(ExiMiR) data(GSE19183) ################################################### ### code chunk number 2: ExiMiR-vignette.Rnw:698-704 ################################################### library(affy) eset.rma <- expresso(GSE19183, bgcorrect.method='rma', normalize.method='quantiles', pmcorrect.method='pmonly', summary.method='medianpolish') ################################################### ### code chunk number 3: ExiMiR-vignette.Rnw:707-712 ################################################### eset.spike <- NormiR(GSE19183, bgcorrect.method='rma', normalize.method='spikein', normalize.param=list(figures.show=FALSE), pmcorrect.method='pmonly', summary.method='medianpolish') ################################################### ### code chunk number 4: ExiMiR-vignette.Rnw:722-725 ################################################### library(ExiMiR) data(galenv) data(GSE20122) ################################################### ### code chunk number 5: ExiMiR-vignette.Rnw:729-732 ################################################### eset.rma <- NormiR(GSE20122, bg.correct=FALSE, normalize.method='quantile', summary.method='medianpolish') ################################################### ### code chunk number 6: ExiMiR-vignette.Rnw:735-739 ################################################### eset.spike <- NormiR(GSE20122, bg.correct=FALSE, normalize.method='spikein', normalize.param=list(figures.show=FALSE), summary.method='medianpolish')