### R code from vignette source 'vignettes/DECIPHER/inst/doc/DECIPHERing.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DECIPHERing.Rnw:51-53 ################################################### options(continue=" ") options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: startup ################################################### library(DECIPHER) ################################################### ### code chunk number 3: expr1 ################################################### # access a sequence file included in the package: gen <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.gen", package="DECIPHER") # connect to a database: dbConn <- dbConnect(SQLite(), ":memory:") # import the sequences into the sequence database Seqs2DB(gen, "GenBank", dbConn, "Bacteria") ################################################### ### code chunk number 4: expr2 ################################################### BrowseDB(dbConn) ################################################### ### code chunk number 5: expr3 ################################################### l <- IdLengths(dbConn) head(l) Add2DB(l, dbConn) BrowseDB(dbConn, maxChars=20) ################################################### ### code chunk number 6: expr4 ################################################### r <- IdentifyByRank(dbConn, add2tbl=TRUE) BrowseDB(dbConn, maxChars=20) ################################################### ### code chunk number 7: expr5 ################################################### dna <- SearchDB(dbConn, id="Bacteroidetes") BrowseSequences(subseq(dna, 140, 240)) ################################################### ### code chunk number 8: expr6 ################################################### d <- DistanceMatrix(dna, correction="Jukes-Cantor", verbose=FALSE) c <- IdClusters(d, method="ML", cutoff=.05, showPlot=TRUE, myXStringSet=dna, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: expr7 ################################################### dbDisconnect(dbConn) ################################################### ### code chunk number 10: sessinfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)