### R code from vignette source 'vignettes/CellNOptR/inst/doc/CellNOptR-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: installRBGL (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("RBGL") ################################################### ### code chunk number 2: installPackage (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("CellNOptR") ################################################### ### code chunk number 3: installPackage2 (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("path_to_CellNOptR/CellNOptR_1.0.0.tar.gz", ## repos=NULL, type="source") ################################################### ### code chunk number 4: Ropts ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 5: loadLib ################################################### library(CellNOptR) ################################################### ### code chunk number 6: newDir (eval = FALSE) ################################################### ## dir.create("CNOR_analysis") ## setwd("CNOR_analysis") ################################################### ### code chunk number 7: quickstart (eval = FALSE) ################################################### ## # ---------------------- load the library and get a SIF and MIDAS file ## library(CellNOptR) ## # ## # ---------------------- examples are provided in CellNOptR ## data("ToyModel", package="CellNOptR") ## data("CNOlistToy", package="CellNOptR") ## pknmodel = ToyModel ## cnolist = CNOlist(CNOlistToy) ## # ## # ---------------------- alternatively you can read your own files: ## # pknmodel = readSIF("ToyModel.sif") ## # cnolist = CNOlist("ToyDataMMB.csv") ## # ## # ---------------------- preprocess the network ## model = preprocessing(cnolist, pknmodel) ## # ## # ---------------------- perform the analysis ## res = gaBinaryT1(cnolist, model, verbose=FALSE) ## # ## # ---------------------- plot the results ## cutAndPlot(cnolist, model, list(res$bString)) ################################################### ### code chunk number 8: directory ################################################### cpfile<-dir(system.file("ToyModel",package="CellNOptR"),full=TRUE) file.copy(from=cpfile,to=getwd(),overwrite=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: getData ################################################### dataToy<-readMIDAS("ToyDataMMB.csv", verbose=FALSE) CNOlistToy<-makeCNOlist(dataToy,subfield=FALSE, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: getData2 ################################################### data(CNOlistToy,package="CellNOptR", verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 11: cnolistClass ################################################### CNOlistToy = CNOlist("ToyDataMMB.csv") ################################################### ### code chunk number 12: cnolistClass2 (eval = FALSE) ################################################### ## data(CNOlistToy,package="CellNOptR") ## CNOlistToy = CNOlist(CNOlistToy) ################################################### ### code chunk number 13: showCNO ################################################### CNOlistToy ################################################### ### code chunk number 14: plotCNO ################################################### plot(CNOlistToy) ################################################### ### code chunk number 15: ploCNOPDF ################################################### plotCNOlistPDF(CNOlist=CNOlistToy,filename="ToyModelGraph.pdf") ################################################### ### code chunk number 16: getModel ################################################### pknmodel<-readSIF("ToyPKNMMB.sif") ################################################### ### code chunk number 17: getModel2 ################################################### data(ToyModel,package="CellNOptR") ################################################### ### code chunk number 18: indices ################################################### checkSignals(CNOlistToy,pknmodel) ################################################### ### code chunk number 19: plotModel ################################################### plotModel(pknmodel, CNOlistToy) ################################################### ### code chunk number 20: NONC ################################################### indicesToy<-indexFinder(CNOlistToy,pknmodel,verbose=TRUE) ToyNCNOindices<-findNONC(pknmodel,indicesToy,verbose=TRUE) ToyNCNOcut<-cutNONC(pknmodel,ToyNCNOindices) indicesToyNCNOcut<-indexFinder(CNOlistToy,ToyNCNOcut) ################################################### ### code chunk number 21: compress ################################################### ToyNCNOcutComp<-compressModel(ToyNCNOcut,indicesToyNCNOcut) indicesToyNCNOcutComp<-indexFinder(CNOlistToy,ToyNCNOcutComp) ################################################### ### code chunk number 22: expand ################################################### model<-expandGates(ToyNCNOcutComp, maxInputsPerGate=3) ################################################### ### code chunk number 23: expand ################################################### model <- preprocessing(CNOlistToy, pknmodel, expansion=TRUE, compression=TRUE, cutNONC=TRUE, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 24: resError ################################################### resECNOlistToy<-residualError(CNOlistToy) ################################################### ### code chunk number 25: initbs ################################################### initBstring<-rep(1,length(model$reacID)) ################################################### ### code chunk number 26: optim ################################################### ToyT1opt<-gaBinaryT1(CNOlist=CNOlistToy, model=model, initBstring=initBstring, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 27: resSim ################################################### cutAndPlot(model=model, bStrings=list(ToyT1opt$bString), CNOlist=CNOlistToy,plotPDF=TRUE) ################################################### ### code chunk number 28: plotFit ################################################### plotFit(optRes=ToyT1opt) ################################################### ### code chunk number 29: simFitPDF ################################################### cutAndPlot( model=model, bStrings=list(ToyT1opt$bString), CNOlist=CNOlistToy, plotPDF=TRUE) pdf("evolFitToyT1.pdf") plotFit(optRes=ToyT1opt) dev.off() ################################################### ### code chunk number 30: plotModelToy1 ################################################### plotModel(model, CNOlistToy, bString=ToyT1opt$bString) ################################################### ### code chunk number 31: plotModelToy1save ################################################### plotModel(model, CNOlistToy, bString=ToyT1opt$bString, output="PDF", filename="plotModelToy1") ################################################### ### code chunk number 32: plotModelToy2 ################################################### bs = mapBack(model, pknmodel, ToyT1opt$bString) plotModel(pknmodel, CNOlistToy, bs, compressed=model$speciesCompressed) ################################################### ### code chunk number 33: plotModelToy2save ################################################### plotModel(pknmodel, CNOlistToy, bs, compressed=model$speciesCompressed,output="PDF", filename="plotModelToy2") ################################################### ### code chunk number 34: writeRes ################################################### writeScaffold( modelComprExpanded=model, optimResT1=ToyT1opt, optimResT2=NA, modelOriginal=pknmodel, CNOlist=CNOlistToy) writeNetwork( modelOriginal=pknmodel, modelComprExpanded=model, optimResT1=ToyT1opt, optimResT2=NA, CNOlist=CNOlistToy) namesFilesToy<-list( dataPlot="ToyModelGraph.pdf", evolFitT1="evolFitToyT1.pdf", evolFitT2=NA, simResultsT1="SimResultsT1_1.pdf", simResultsT2=NA, scaffold="Scaffold.sif", scaffoldDot="Scaffold.dot", tscaffold="TimesScaffold.EA", wscaffold="weightsScaffold.EA", PKN="PKN.sif", PKNdot="PKN.dot", wPKN="TimesPKN.EA", nPKN="nodesPKN.NA") writeReport( modelOriginal=pknmodel, modelOpt=model, optimResT1=ToyT1opt, optimResT2=NA, CNOlist=CNOlistToy, directory="testToy", namesFiles=namesFilesToy, namesData=list(CNOlist="Toy",model="ToyModel")) ################################################### ### code chunk number 35: eraseDir ################################################### unlink("testToy",recursive=TRUE) ################################################### ### code chunk number 36: getToy ################################################### dataToy<-readMIDAS("ToyDataMMB.csv") CNOlistToy<-makeCNOlist(dataToy,subfield=FALSE) pknmodel<-readSIF("ToyPKNMMB.sif") ################################################### ### code chunk number 37: wrap1 (eval = FALSE) ################################################### ## res <- CNORwrap( ## paramsList=NA, ## name="Toy", ## namesData=list(CNOlist="ToyData",model="ToyModel"), ## data=CNOlistToy, ## model=pknmodel) ################################################### ### code chunk number 38: eraseToyDir ################################################### unlink("Toy",recursive=TRUE) ################################################### ### code chunk number 39: wrap2 ################################################### pList<-defaultParameters(CNOlistToy, pknmodel) #pList$data = CNOlistToy #pList$model = ToyModel res <- CNORwrap( paramsList=pList, name="Toy1Step", namesData=list(CNOlist="ToyData",model="ToyModel")) ################################################### ### code chunk number 40: eraseData ################################################### unlink("ToyDataMMB.csv") unlink("ToyPKNMMB.sif") unlink("Toy1Step",recursive=TRUE) unlink("ToyModelMMB2.sif") ################################################### ### code chunk number 41: getDREAM ################################################### #Option 1: copy the SIF and MIDAS files (followed by readMIDAS, makeCNOlist and readSIF) cpfile<-dir(system.file("DREAMModel",package="CellNOptR"),full=TRUE) file.copy(from=cpfile,to=getwd(),overwrite=TRUE) #Option 2: load the CNOlist and model objects data(CNOlistDREAM,package="CellNOptR") data(DreamModel,package="CellNOptR") ################################################### ### code chunk number 42: DREAMAnalysis (eval = FALSE) ################################################### ## model = preprocessing(CNOlistDREAM, DreamModel, verbose=FALSE) ## res = gaBinaryT1(CNOlistDREAM, model, verbose=FALSE, maxTime=10) ## cutAndPlot(CNOlistDREAM, model, bStrings=list(res$bString), plotPDF=TRUE, ## plotParams=list(maxrow=25, margin=0.1, width=20, height=20)) ## ## ################################################### ### code chunk number 43: t2load ################################################### data(CNOlistToy2,package="CellNOptR") data(ToyModel2,package="CellNOptR") pknmodel = ToyModel2 cnolist = CNOlist(CNOlistToy2) ################################################### ### code chunk number 44: t2plotCNOlist ################################################### plot(cnolist) plotCNOlistPDF(cnolist,filename="ToyModelGraphT2.pdf") ################################################### ### code chunk number 45: t2Opt1 ################################################### model = preprocessing(cnolist, pknmodel, verbose=FALSE) T1opt <- gaBinaryT1(cnolist, model, stallGenMax=10, maxTime=60, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 46: t2OptT1plot ################################################### cutAndPlot(model=model, bStrings=list(T1opt$bString), CNOlist=cnolist, plotPDF=TRUE) pdf("evolFitToy2T1.pdf") plotFit(optRes=T1opt) dev.off() plotFit(optRes=T1opt) ################################################### ### code chunk number 47: t2OptT2 ################################################### T2opt<-gaBinaryTN(cnolist, model, bStrings=list(T1opt$bString), stallGenMax=10, maxTime=60, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 48: resSimT2 ################################################### cutAndPlot( model=model, bStrings=list(T1opt$bString, T2opt$bString), CNOlist=cnolist, plotPDF=TRUE, plotParams=list(cex=0.8, cmap_scale=0.5, margin=0.2))