### R code from vignette source 'vignettes/BSgenome/inst/doc/BSgenomeForge.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BSgenomeForge.Rnw:187-190 ################################################### library(Biostrings) file <- system.file("extdata", "ce2chrM.fa", package="BSgenome") fasta.info(file) ################################################### ### code chunk number 2: BSgenomeForge.Rnw:403-408 ################################################### library(BSgenome) seed_files <- system.file("extdata", "GentlemanLab", package="BSgenome") tail(list.files(seed_files, pattern="-seed$")) rn4_seed <- list.files(seed_files, pattern="\\.rn4-seed$", full.names=TRUE) cat(readLines(rn4_seed), sep="\n") ################################################### ### code chunk number 3: BSgenomeForge.Rnw:421-424 (eval = FALSE) ################################################### ## library(BSgenome) ## #forgeBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed", mode="fa.rz") # not ready yet ## forgeBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed", mode="rda") ################################################### ### code chunk number 4: BSgenomeForge.Rnw:653-658 ################################################### library(BSgenome) seed_files <- system.file("extdata", "GentlemanLab", package="BSgenome") tail(list.files(seed_files, pattern="\\.masked-seed$")) rn4_masked_seed <- list.files(seed_files, pattern="\\.rn4\\.masked-seed$", full.names=TRUE) cat(readLines(rn4_masked_seed), sep="\n") ################################################### ### code chunk number 5: BSgenomeForge.Rnw:673-675 (eval = FALSE) ################################################### ## library(BSgenome) ## forgeMaskedBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed") ################################################### ### code chunk number 6: BSgenomeForge.Rnw:717-718 ################################################### sessionInfo()