### R code from vignette source 'vignettes/AtlasRDF/inst/doc/AtlasRDF_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: AtlasRDF_vignette.Rnw:32-33 ################################################### library("AtlasRDF") ################################################### ### code chunk number 2: AtlasRDF_vignette.Rnw:46-50 (eval = FALSE) ################################################### ## ## termhits <- searchForEFOTerms("type II diabetes") ## ## print(termhits) ################################################### ### code chunk number 3: AtlasRDF_vignette.Rnw:59-63 (eval = FALSE) ################################################### ## ## efomappings <- getOntologyMappings("") ## ## print(efomappings) ################################################### ### code chunk number 4: AtlasRDF_vignette.Rnw:73-79 (eval = FALSE) ################################################### ## humanURI <- getTaxonURI("human") ## ## typeIIgenelist <- getSpeciesSpecificEnsemblGenesForExFactor("", humanURI) ## ## head(typeIIgenelist) ## ################################################### ### code chunk number 5: AtlasRDF_vignette.Rnw:92-96 (eval = FALSE) ################################################### ## #this will take a little while to run so we comment out for the vignette ## pathways <- getRankedPathwaysForGeneIds(typeIIgenelist[,3]) ## head(pathways) ## ################################################### ### code chunk number 6: AtlasRDF_vignette.Rnw:103-104 (eval = FALSE) ################################################### ## pathways[1] ################################################### ### code chunk number 7: AtlasRDF_vignette.Rnw:114-119 (eval = FALSE) ################################################### ## #if you have run the previous steps you can extract the pathway uri from the pathways list using ## #pathways[[1]]@pathwayuri ## #for convenience we will name the pathway ## genes <- getGenesForPathwayURI("") ## ################################################### ### code chunk number 8: AtlasRDF_vignette.Rnw:135-139 (eval = FALSE) ################################################### ## #human_genelist_bg ## load("human/human_gene_list.RData") ## #human_factor_counts ## load("human/human_factor_counts.RData") ################################################### ### code chunk number 9: AtlasRDF_vignette.Rnw:144-146 ################################################### ###do enrichment #transcription_pathway_enrichment <- doFishersEnrichment(genes, human_genelist_bg, human_factor_counts) ################################################### ### code chunk number 10: AtlasRDF_vignette.Rnw:152-153 ################################################### data(transcription_pathway_enrichment) ################################################### ### code chunk number 11: AtlasRDF_vignette.Rnw:158-159 ################################################### vizgraph <- vizPvalues(transcription_pathway_enrichment, "0.00005") ################################################### ### code chunk number 12: AtlasRDF_vignette.Rnw:169-170 ################################################### filteredgenes <- includeOnlySubclasses("efo:EFO_0000408", transcription_pathway_enrichment) ################################################### ### code chunk number 13: AtlasRDF_vignette.Rnw:176-178 ################################################### sortedset <- orderEnrichmentResults(filteredgenes) vizgraph <- vizPvalues(sortedset[1:20], 0.000001) ################################################### ### code chunk number 14: AtlasRDF_vignette.Rnw:184-185 ################################################### sortedset[1] ################################################### ### code chunk number 15: AtlasRDF_vignette.Rnw:195-199 (eval = FALSE) ################################################### ## #get experiments for first enriched gene ## experiments <- getExperimentIdsForGeneURI(sortedset[[1]]@enrichedgenes[1]) ## #look at first 5 experiment IDs ## experiments[1:5]