### R code from vignette source 'vignettes/virtualArray/inst/doc/virtualArray.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=72) ################################################### ### code chunk number 2: virtualArray.Rnw:68-69 ################################################### library(virtualArray) ################################################### ### code chunk number 3: virtualArray.Rnw:133-136 ################################################### library("GEOquery") GSE23402 <- getGEO("GSE23402",GSEMatrix=T,AnnotGPL=FALSE) GSE26428 <- getGEO("GSE26428",GSEMatrix=T,AnnotGPL=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: virtualArray.Rnw:141-143 ################################################### GSE23402 <- GSE23402[[1]][,1:24] GSE26428 <- GSE26428[[1]] ################################################### ### code chunk number 5: virtualArray.Rnw:146-150 (eval = FALSE) ################################################### ## library(virtualArray) ## library(affy) ## GSE23402 <- GSE23402 ## GSE26428 <- GSE26428 ################################################### ### code chunk number 6: virtualArray.Rnw:156-158 ################################################### summary(exprs(GSE23402)[,1:3]) summary(exprs(GSE26428)) ################################################### ### code chunk number 7: virtualArray.Rnw:168-170 ################################################### exprs(GSE23402) <- log2(exprs(GSE23402)) exprs(GSE26428) <- (exprs(GSE26428)/20*16) ################################################### ### code chunk number 8: virtualArray.Rnw:175-177 ################################################### summary(exprs(GSE23402)[,1:4]) summary(exprs(GSE26428)) ################################################### ### code chunk number 9: virtualArray.Rnw:183-185 ################################################### annotation(GSE23402) <- "hgu133plus2" annotation(GSE26428) <- "hgug4112a" ################################################### ### code chunk number 10: virtualArray.Rnw:190-191 ################################################### my_virtualArrays <- NULL ################################################### ### code chunk number 11: options ################################################### options(width=60) if(require(BiocParallel)) register(MulticoreParam(verbose=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 12: virtualArray.Rnw:209-210 ################################################### my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect <- virtualArrayExpressionSets() ################################################### ### code chunk number 13: virtualArray.Rnw:215-216 ################################################### my_virtualArrays$iPSC_hESC_withBatchEffect <- virtualArrayExpressionSets(removeBatcheffect=FALSE) ################################################### ### code chunk number 14: virtualArray.Rnw:221-225 ################################################### pData(my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect)[5] <- c(as.character(pData(GSE23402)[,8]),as.character(pData(GSE26428)[,1])) pData(my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect)[6] <- c(rep("red",24),rep("blue1",3)) ################################################### ### code chunk number 15: virtualArray.Rnw:243-246 ################################################### dist_iPSC_hESC_noBatchEffect <- dist(t(exprs(my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect)), method="euclidian") ################################################### ### code chunk number 16: virtualArray.Rnw:258-261 ################################################### hc_iPSC_hESC_noBatchEffect <- hclust(dist_iPSC_hESC_noBatchEffect, method="average") hc_iPSC_hESC_noBatchEffect$call <- NULL ################################################### ### code chunk number 17: virtualArray.Rnw:284-289 ################################################### virtualArrayHclust(hc_iPSC_hESC_noBatchEffect, lab.col=pData(my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect)[,6], lab=pData(my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect)[,5], main="batch effect removed",cex=0.7, xlab="sample names") ################################################### ### code chunk number 18: virtualArray.Rnw:346-347 (eval = FALSE) ################################################### ## my_virtualArrays$iPSC_hESC_supervised <- virtualArrayExpressionSets(sampleinfo="create") ################################################### ### code chunk number 19: virtualArray.Rnw:350-351 ################################################### my_virtualArrays$iPSC_hESC_supervised <- virtualArrayExpressionSets(sampleinfo=sample_info_imported) ################################################### ### code chunk number 20: virtualArray.Rnw:354-357 ################################################### dist_iPSC_hESC_supervised <- dist(t(exprs(my_virtualArrays$iPSC_hESC_supervised)), method="euclidian") ################################################### ### code chunk number 21: virtualArray.Rnw:359-362 ################################################### hc_iPSC_hESC_supervised <<- hclust(dist_iPSC_hESC_supervised, method="average") hc_iPSC_hESC_supervised$call <- NULL ################################################### ### code chunk number 22: virtualArray.Rnw:365-370 ################################################### virtualArrayHclust(hc_iPSC_hESC_supervised, lab.col=pData(my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect)[,6], lab=pData(my_virtualArrays$iPSC_hESC_noBatchEffect)[,5], main="batch effect removed - supervised mode",cex=0.7, xlab="sample names") ################################################### ### code chunk number 23: virtualArray.Rnw:375-378 ################################################### pca_supervised <- prcomp(t(exprs(my_virtualArrays$iPSC_hESC_supervised))) plot(pca_supervised$x, pch=19, cex=2, col=c(rep("red",24),rep("blue",3),pch=17)) legend("topleft",c("GSE23402","GSE26428"),col=c("red","blue"),pch=19,cex=1)