### R code from vignette source 'vignettes/splicegear/inst/doc/splicegear.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: R.hide ################################################### library(splicegear) ################################################### ### code chunk number 2: splicegear.Rnw:95-100 ################################################### data(spsites) print(spsites) plot(spsites) ################################################### ### code chunk number 3: splicegear.Rnw:118-121 ################################################### library(XML) filename <- system.file("extdata", "example.xml", package="splicegear") xml <- xmlTreeParse(filename, asTree=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: splicegear.Rnw:127-130 ################################################### spsites <- buildSpliceSites(xml, verbose=FALSE) length(spsites) show(spsites[1:2]) ################################################### ### code chunk number 5: splicegear.Rnw:150-158 ################################################### ## build SpliceSites library(XML) filename <- system.file("extdata", "example.xml", package="splicegear") xml <- xmlTreeParse(filename, asTree=TRUE) spsites <- buildSpliceSites(xml, verbose=FALSE) ## subset the second object in the list my.spsites <- spsites[[2]] ################################################### ### code chunk number 6: splicegear.Rnw:161-162 ################################################### plot(my.spsites) ################################################### ### code chunk number 7: splicegear.Rnw:178-183 ################################################### data(spliceset) dataf <- as.data.frame(spliceset) colnames(dataf) ################################################### ### code chunk number 8: splicegear.Rnw:187-197 ################################################### lm.panel <- function(x, y, ...) { points(x,y,...) p.lm <- lm(y~x); abline(p.lm) } ## to plot probe intensity values conditioned by the position of the probes on ## the mRNA: ## (commented out to avoid a warning) ##coplot(log(exprs) ~ Material | begin, data=dataf, panel=lm.panel) ################################################### ### code chunk number 9: splicegear.Rnw:220-231 ################################################### ## a 10 bp window seq.length <- as.integer(10) ## positions of the exons spsiteIpos <- matrix(c(1, 3.5, 5, 9, 3, 4, 8, 10), nc=2) ## known variants variants <- list(a=c(1,2,3,4), b=c(1,2,3), c=c(1,3,4)) ## n.exons <- nrow(spsiteIpos) spvar <- new("SpliceSitesGenomic", spsiteIpos=spsiteIpos, variants=variants, seq.length=seq.length) ################################################### ### code chunk number 10: splicegear.Rnw:237-240 ################################################### par(mfrow = c(3,1), mar = c(3.1, 2.1, 2.1, 1.1)) plot(spvar, split=TRUE, col.exon=rainbow(n.exons))