### R code from vignette source 'vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: foo ################################################### options(keep.source = TRUE, width = 60) foo <- packageDescription("rHVDM") ################################################### ### code chunk number 2: loading ################################################### library(rHVDM) ##the three other packages also get loaded ################################################### ### code chunk number 3: loadingdata ################################################### data(HVDMexample) ################################################### ### code chunk number 4: quickanddirtymeaserrors ################################################### anothereset<-assayDataElementReplace(fiveGyMAS5,'se.exprs',5 + exprs(fiveGyMAS5)*0.1) ################################################### ### code chunk number 5: calculateerrors ################################################### anothereset<-estimerrors(eset=fiveGyMAS5,plattid="affy_HGU133A") ################################################### ### code chunk number 6: deletedirtyset ################################################### rm(anothereset) ################################################### ### code chunk number 7: trypdatacommand ################################################### pData(fiveGyMAS5) ################################################### ### code chunk number 8: HVDMcheckcommand ################################################### HVDMcheck(fiveGyMAS5) ################################################### ### code chunk number 9: createnewpdata ################################################### norepl3<-pData(fiveGyMAS5) norepl3<-norepl3[norepl3$replicate!=3,] ################################################### ### code chunk number 10: checknewpdata ################################################### HVDMcheck(fiveGyMAS5,pdata=norepl3) ################################################### ### code chunk number 11: garbagecollection ################################################### rm(norepl3) ################################################### ### code chunk number 12: training ################################################### tHVDMp53<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=p53traingenes, degrate=0.8,actname="p53") ################################################### ### code chunk number 13: trainigunanchored ################################################### tHVDMp53na<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=p53traingenes,actname="p53") ################################################### ### code chunk number 14: trainingbadgene ################################################### tHVDMp53b<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=c(p53traingenes,"202688_at"), degrate=0.8,actname="p53") ################################################### ### code chunk number 15: garbagecollectionagain ################################################### rm(tHVDMp53na,tHVDMp53b) ################################################### ### code chunk number 16: agoodgene ################################################### gHVDMCD38<-fitgene(eset=fiveGyMAS5,gene="205692_s_at",tHVDM=tHVDMp53) ################################################### ### code chunk number 17: thesamegene ################################################### gHVDMCD38<-fitgene(eset=fiveGyMAS5,gene="205692_s_at",tHVDM=tHVDMp53, firstguess=gHVDMCD38) ################################################### ### code chunk number 18: badgene ################################################### gHVDMtnf10l<-fitgene(eset=fiveGyMAS5,gene="202688_at",tHVDM=tHVDMp53) ################################################### ### code chunk number 19: screenall ################################################### sHVDMp53<-screening(eset=fiveGyMAS5,genes=genestoscreen[1:5],HVDM=tHVDMp53) ################################################### ### code chunk number 20: targetlist ################################################### p53targets<-sHVDMp53$results[sHVDMp53$results$class1,] ################################################### ### code chunk number 21: newscreen ################################################### sHVDMp53<-screening(HVDM=sHVDMp53,cl1modelscorehigh=80.0, cl1zscorelow=3.5) ################################################### ### code chunk number 22: extractavalue ################################################### tHVDMp53$dm$signal[paste("202284_s_at","5Gy","2",6,sep=".")] ################################################### ### code chunk number 23: extractanactivitytimepoint ################################################### tHVDMp53$par$parameters[paste("p53","5Gy","2",6,sep=".")] ################################################### ### code chunk number 24: extractaparameter ################################################### tHVDMp53$par$parameters[paste("203409_at","Dj",sep=".")] ################################################### ### code chunk number 25: knownvalues ################################################### tHVDMp53$distribute$known ################################################### ### code chunk number 26: freeparams ################################################### tHVDMp53$par$parameters[tHVDMp53$distribute$free] ################################################### ### code chunk number 27: scoreobject ################################################### tHVDMp53$scores$withintc[[1]]$score ################################################### ### code chunk number 28: differentialoperator ################################################### tHVDMp53$tc[[1]]$A ################################################### ### code chunk number 29: confidenceintervalsfortraining ################################################### vcov<-solve(tHVDMp53$results$hessian) sdev<-1.96*diag(vcov)^0.5 #compute half confidence interval in #transformed domain work<-tHVDMp53 #create a copy of the example to work with central<-.exportfree(work) #extract transformed, fitted values nams<-names(central) #extract vector of labels upperbounds<- (.importfree(HVDM=work,x=central[nams]+sdev[nams]))$par$parameters #.importfree() imports the transformed values for the upper bound #into the "work" object and performs the inverse transform (here, an #exponential) upon import, a new HVDM object is returned by this #command. The $par$parameters suffix extracts the parameter vector. #Note that the upperbounds vector will contain all parameter values, #ie not only those fitted in LM. lowerbounds<- (.importfree(HVDM=work,x=central[nams]-sdev[nams]))$par$parameters #a similar command is used to extract the lower bounds. rm(work) #get rid of this no longer needed object