### R code from vignette source 'vignettes/gCMAP/inst/doc/diffExprAnalysis.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: diffExprAnalysis.Rnw:32-33 ################################################### options(warn=-1) ################################################### ### code chunk number 2: makeExampleCountDataSet ################################################### library(gCMAP) library(DESeq) set.seed( 123 ) cds.list <- lapply( 1:3, function(n) { cds <- makeExampleCountDataSet() featureNames(cds) <- paste("gene",1:10000, sep="_") cds }) names(cds.list) <- paste("Instance", 1:3, sep="") sapply(cds.list, dim) sapply(cds.list, function(n) pData(n)$condition ) ################################################### ### code chunk number 3: generate_gCMAP_NChannelSet ################################################### ## this step takes a little time cde <- generate_gCMAP_NChannelSet(cds.list, uids=1:3, sample.annotation=NULL, platform.annotation="Entrez", control_perturb_col="condition", control="A", perturb="B") channelNames(cde) ################################################### ### code chunk number 4: big.matrix ################################################### ## list of ExpressionSets data("sample.ExpressionSet") ## from Biobase es.list <- list( sample.ExpressionSet[,1:4], sample.ExpressionSet[,5:8], sample.ExpressionSet[,9:12]) ## three instances names(es.list) <- paste( "Instance", 1:3, sep=".") storage.file <- tempfile() storage.file ## filename prefix for BigMatrices de <- generate_gCMAP_NChannelSet( es.list, 1:3, platform.annotation = annotation(es.list[[1]]), control_perturb_col="type", control="Control", perturb="Case", big.matrix=storage.file) channelNames(de) head( assayDataElement(de, "z") ) dir(dirname( storage.file )) ################################################### ### code chunk number 5: subsettingBigMatrices ################################################### ## remove de object from R session and reload rm( de ) de <-get( load( paste( storage.file, "rdata", sep=".")) ) class( assayDataElement(de, "z") ) assayDataElement(de, "z")[1:10,] ## load subset ################################################### ### code chunk number 6: memorize ################################################### ## read z-score channel into memory dem <- memorize( de, name="z" ) channelNames(dem) class( assayDataElement(dem, "z") ) ## matrix ################################################### ### code chunk number 7: cleanup ################################################### ## remove tempfiles unlink(paste(storage.file,"*", sep="")) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### sessionInfo()