### R code from vignette source 'vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: flowFlowJo.Rnw:118-124 ################################################### library(flowCore); library(XML); library(flowFlowJo); demoLocation <- system.file("extdata", "DemoWorkspace.wsp", package="flowFlowJo"); actualFCSLoc <- system.file("extdata/fcsFiles", package="flowFlowJo"); testList <- readFlowJoList(demoLocation, altFileLocation=actualFCSLoc); ################################################### ### code chunk number 2: flowFlowJo.Rnw:157-160 ################################################### z <- getFlowJoGates(testList, fileNamePatterns=c("C02")); print(summary(z)); print(summary(z$filter)); ################################################### ### code chunk number 3: flowFlowJo.Rnw:261-263 ################################################### getFlowJoSummary(testList, gatesByFile=FALSE, removeParentalNames=TRUE); getFlowJoSummary(testList, removeParentalNames=TRUE); ################################################### ### code chunk number 4: flowFlowJo.Rnw:279-280 ################################################### summaryStatsObj <- collectSummaryFlowInfo(testList); ################################################### ### code chunk number 5: flowFlowJo.Rnw:338-344 ################################################### expDescFrame <- data.frame(Drug=c(rep("Amospho", 3), rep("Gleevec", 3), rep("Chloro", 3)), Conc=rep(c(0.001, 0.0001, 0.00001), 3), FCSFilename=dir(actualFCSLoc, full.names=TRUE), FlowJoWorkspace=rep(demoLocation, length(dir(actualFCSLoc)))); ################################################### ### code chunk number 6: flowFlowJo.Rnw:356-358 ################################################### flowReport <- createFlowReport(summaryStatsObj, factorsFrame=expDescFrame); print(head(flowReport));