### R code from vignette source 'vignettes/clipper/inst/doc/clipper.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: cppr ################################################### options(keep.source = TRUE, width = 60) cppr <- packageDescription("clipper") ################################################### ### code chunk number 2: loadGraphitePathways ################################################### library(graphite) graph <- convertIdentifiers(kegg[["Chronic myeloid leukemia"]], "entrez") graph <- pathwayGraph(graph) genes <- nodes(graph) head(genes) ################################################### ### code chunk number 3: loadDataAndClasses ################################################### library(ALL) data(ALL) ################################################### ### code chunk number 4: lookPhenoData ################################################### head(pData(ALL)) dim(pData(ALL)) ################################################### ### code chunk number 5: Bcell-selection ################################################### pData(ALL)$BT pAllB <- pData(ALL)[grep("B", pData(ALL)$BT),] dim(pAllB) ################################################### ### code chunk number 6: mol.biolSelection ################################################### pAllB$'mol.biol' NEG <- pAllB$'mol.biol' == "NEG" BCR <- pAllB$'mol.biol' == "BCR/ABL" pAll <- pAllB[(NEG | BCR),] ################################################### ### code chunk number 7: builtClassesVector ################################################### classesUn <- as.character(pAll$'mol.biol') classesUn[classesUn=="BCR/ABL"] <- 2 classesUn[classesUn=="NEG"] <- 1 classesUn <- as.numeric(classesUn) names(classesUn) <- row.names(pAll) classes <- sort(classesUn) ################################################### ### code chunk number 8: selectExpressionSet ################################################### library("hgu95av2.db") all <- ALL[,names(classes)] probesIDS <- row.names(exprs(all)) featureNames(all@assayData)<-unlist(mget(probesIDS, hgu95av2ENTREZID)) all <- all[(!is.na(row.names(exprs(all))))] ################################################### ### code chunk number 9: obtainingTheSubgraph ################################################### genes <- intersect(genes, row.names(exprs(all))) library(graph) graph <- subGraph(genes, graph) exp <- all[genes,,drop=FALSE] exp dim(exprs(exp)) ################################################### ### code chunk number 10: pathQUsage ################################################### library(clipper) pathwayAnalysis <- pathQ(exp, classes, graph, nperm=100, alphaV=0.05, b=100) pathwayAnalysis ################################################### ### code chunk number 11: clipperUsage ################################################### clipped <- clipper(exp, classes, graph, "var", trZero=0.01, permute=FALSE) clipped[,1:5] ################################################### ### code chunk number 12: sintetizeYourResult ################################################### clipped <- prunePaths(clipped, thr=0.2) clipped[,1:5] ################################################### ### code chunk number 13: easyClip usage ################################################### clipped <- easyClip(exp, classes, graph, method="mean") clipped[,1:5] ################################################### ### code chunk number 14: easylook usage ################################################### easyLook(clipped)