### R code from vignette source 'vignettes/RMassBank/inst/doc/RMassBankNonstandard.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: RMassBankNonstandard.Rnw:24-26 ################################################### options(width=74) #library(xtable) ################################################### ### code chunk number 2: RMassBankNonstandard.Rnw:41-44 ################################################### library("RMassBank") library("RMassBankData") library("gplots") ################################################### ### code chunk number 3: RMassBankNonstandard.Rnw:50-51 (eval = FALSE) ################################################### ## vignette("RMassBank") ################################################### ### code chunk number 4: RMassBankNonstandard.Rnw:71-78 ################################################### RmbDefaultSettings() rmbo <- getOption("RMassBank") rmbo$recalibrator <- list( "MS1" = "recalibrate.identity", "MS2" = "recalibrate.identity" ) options("RMassBank" = rmbo) ################################################### ### code chunk number 5: RMassBankNonstandard.Rnw:84-86 ################################################### w <- loadMsmsWorkspace(system.file("results/pH_narcotics_RF.RData", package="RMassBankData")) ################################################### ### code chunk number 6: RMassBankNonstandard.Rnw:90-91 ################################################### plotRecalibration(w) ################################################### ### code chunk number 7: RMassBankNonstandard.Rnw:95-97 ################################################### w@recalibratedSpecs[[1]]$parentPeak[30:32,] w@recalibratedSpecs[[1]]$peaks[[1]][15:17,] ################################################### ### code chunk number 8: RMassBankNonstandard.Rnw:103-104 ################################################### w <- msmsWorkflow(w, steps=4) ################################################### ### code chunk number 9: RMassBankNonstandard.Rnw:110-112 ################################################### w@recalibratedSpecs[[1]]$parentPeak[30:32,] w@recalibratedSpecs[[1]]$peaks[[1]][15:17,] ################################################### ### code chunk number 10: RMassBankNonstandard.Rnw:130-150 ################################################### RmbDefaultSettings() getOption("RMassBank")$multiplicityFilter # to make processing faster, we only use 3 spectra per compound rmbo <- getOption("RMassBank") rmbo$spectraList <- list( list(mode="CID", ces = "35%", ce = "35 % (nominal)", res = 7500), list(mode="HCD", ces = "15%", ce = "15 % (nominal)", res = 7500), list(mode="HCD", ces = "30%", ce = "30 % (nominal)", res = 7500) ) options(RMassBank = rmbo) loadList(system.file("list/NarcoticsDataset.csv", package="RMassBankData")) w <- newMsmsWorkspace() files <- list.files(system.file("spectra", package="RMassBankData"), ".mzML", full.names = TRUE) w@files <- files[1:2] ################################################### ### code chunk number 11: RMassBankNonstandard.Rnw:153-163 ################################################### w1 <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=c(1)) # Here we artificially cut spectra out to make the workflow run faster for the vignette: w1@specs <- lapply(w1@specs, function(s) { s$childScans <- s$childScans[1:3] s$childHeaders <- s$childHeaders[1:3,] s$peaks <- s$peaks[1:3] s }) w1 <- msmsWorkflow(w1, mode="pH", steps=c(2:7)) ################################################### ### code chunk number 12: RMassBankNonstandard.Rnw:169-179 ################################################### w2 <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=c(1), confirmMode = 1) # Here we artificially cut spectra out to make the workflow run faster for the vignette: w2@specs <- lapply(w2@specs, function(s) { s$childScans <- s$childScans[1:3] s$childHeaders <- s$childHeaders[1:3,] s$peaks <- s$peaks[1:3] s }) w2 <- msmsWorkflow(w2, mode="pH", steps=c(2:7)) ################################################### ### code chunk number 13: RMassBankNonstandard.Rnw:185-187 ################################################### wTotal <- combineMultiplicities(c(w1, w2)) wTotal <- msmsWorkflow(wTotal, steps=8, mode="pH", archivename = "output") ################################################### ### code chunk number 14: RMassBankNonstandard.Rnw:192-194 ################################################### mb <- newMbWorkspace(wTotal) # [...] load lists, execute workflow etc. ################################################### ### code chunk number 15: RMassBankNonstandard.Rnw:201-202 ################################################### sessionInfo()