### R code from vignette source 'vignettes/QUALIFIER/inst/doc/QUALIFIER.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPackage-QUALIFIER ################################################### library(QUALIFIER) QUALIFIER:::qa.par.set("idCol","id") QUALIFIER:::qa.par.get("idCol") ################################################### ### code chunk number 2: parseWorkspace (eval = FALSE) ################################################### ## ws<-openWorkspace("./data/QA_MFI_RBC_bounary_eventsV3.xml")##should replace with your own xml workspace file path ## GT<-parseWorkspace(ws,execute=FALSE,useInternal=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: gh_template (eval = FALSE) ################################################### ## gh_template<-GT[[1]] ################################################### ### code chunk number 4: gh_template (eval = FALSE) ################################################### ## ##datapath is the path where FCS files stores ## G<-GatingSet(gh_template,filenames,path="./data") ## getPopStats(G[[1]]) ################################################### ### code chunk number 5: getQAStats (eval = FALSE) ################################################### ## db<-new.env() ## initDB(db) ## qaPreprocess(db=db,gs=G ## ,metaFile="./data/FCS_File_mapping.csv" #should replace with your own FCS meta data file path ## ,fcs.colname="FCS_Files" ## ,date.colname=c("RecdDt","AnalysisDt") ## ) ################################################### ### code chunk number 6: loadData ################################################### data("ITNQASTUDY") ################################################### ### code chunk number 7: read.qaTask ################################################### checkListFile<-file.path(system.file("data",package="QUALIFIER"),"qaCheckList.csv.gz") qaTask.list<-read.qaTask(db,checkListFile=checkListFile) qaTask.list[1:2] ################################################### ### code chunk number 8: qaTask-RBCLysis ################################################### qaTask.list[["RBCLysis"]] ################################################### ### code chunk number 9: qaCheck-RBCLysis ################################################### qaCheck(qaTask.list[["RBCLysis"]] ,outlierfunc=list(func = outlier.cutoff ,args = list(lBound=0.8) ) ) ################################################### ### code chunk number 10: plot-RBCLysis ################################################### plot(qaTask.list[["RBCLysis"]],xlab="Record Date",ylab="percent") ################################################### ### code chunk number 11: plot-RBCLysis-subset ################################################### plot(qaTask.list[["RBCLysis"]],subset=Tube=='CD8/CD25/CD4/CD3/CD62L',xlab="Record Date",ylab="percent") ################################################### ### code chunk number 12: clearCheck ################################################### clearCheck(qaTask.list[["RBCLysis"]]) ################################################### ### code chunk number 13: plot-RBCLysis-subset2 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(qaTask.list[["RBCLysis"]],subset=name=='06087181_F01_I010.fcs',scatterPlot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 14: qaTask-MNC ################################################### qaTask.list[["MNC"]] ################################################### ### code chunk number 15: qaCheck-MNC ################################################### qaCheck(qaTask.list[["MNC"]],z.cutoff=1.5) ################################################### ### code chunk number 16: plot-MNC ################################################### plot(qaTask.list[["MNC"]],proportion~factor(coresampleid),xlab="Sample ID",ylab="percent",scales=list(x=list(rot=45))) ################################################### ### code chunk number 17: plot-MNC-scatter (eval = FALSE) ################################################### ## ## plot(qaTask.list[["MNC"]] ## ,scatterPlot=TRUE ## ,subset=coresampleid==11730) ################################################### ### code chunk number 18: qaTask-BoundaryEvents ################################################### qaTask.list[["BoundaryEvents"]] ################################################### ### code chunk number 19: qaCheck-BoundaryEvents ################################################### qaCheck(qaTask.list[["BoundaryEvents"]] ,sum(proportion) ~ RecdDt | name ,outlierfunc=list(func = outlier.cutoff ,args =list(uBound=0.0003) ) ) ################################################### ### code chunk number 20: plot-BoundaryEvents ################################################### plot(qaTask.list[["BoundaryEvents"]],proportion ~ RecdDt | channel,xlab="Record Date",ylab="percent") ################################################### ### code chunk number 21: qaCheck-MFIOverTime ################################################### qaCheck(qaTask.list[["MFIOverTime"]] ,rFunc= list (func = rlm ,args = list(z.cutoff=3) ) ) plot(qaTask.list[["MFIOverTime"]] ,y=MFI~RecdDt|stain ,subset=channel%in%c('FITC-A') ,rFunc=rlm ,scales=list(y=c(relation="free")) ,xlab="Record Date" ) ################################################### ### code chunk number 22: plot-spike ################################################### qaCheck(qaTask.list[["spike"]] ,outlierfunc = list (func = outlier.t ,args = list(alpha=0.00001) ) ) plot(qaTask.list[["spike"]],y=spike~RecdDt|channel ,subset=Tube=='CD8/CD25/CD4/CD3/CD62L'&channel%in%c('FITC-A') ,xlab="Record Date" ) ################################################### ### code chunk number 23: tubesEvents ################################################### tubesEvents <- read.csv(file.path(system.file("data",package="QUALIFIER"),"tubesevents.csv.gz"),row.names=1) tubesEvents <- QUALIFIER:::.TubeNameMapping(db,tubesEvents=tubesEvents[,3,drop=F]) ################################################### ### code chunk number 24: tubesEvents ################################################### tubesEvents ################################################### ### code chunk number 25: plot-NumberOfEvents ################################################### qaCheck(qaTask.list[["NumberOfEvents"]] ,formula=count ~ RecdDt | Tube ,outlierfunc = list(func = outlier.cutoff ,args = list(lBound = 0.8 * tubesEvents) ) ) plot(qaTask.list[["NumberOfEvents"]] ,subset=Tube=='CD8/CD25/CD4/CD3/CD62L' ,xlab="Record Date" ,ylab="Cell counts" ) ################################################### ### code chunk number 26: plot-RedundantStain ################################################### qaCheck(qaTask.list[["RedundantStain"]] ,gOutlierfunc = list(func = outlier.norm , args =list(z.cutoff = 1) ) ) plot(qaTask.list[["RedundantStain"]] ,y=proportion~factor(coresampleid)|channel:stain ,subset=stain%in%c('CD8') ,scales=list(x=list(cex=0.5,rot=45)) ,xlab="Sample ID" ,ylab="percent" ) ################################################### ### code chunk number 27: qa.report (eval = FALSE) ################################################### ## qaReport(qaTask.list ## ,outDir="~/temp" ## ,plotAll=FALSE ## ,subset=as.POSIXlt(RecdDt)$year==(2007-1900) ## ) ## ################################################### ### code chunk number 28: qa.report (eval = FALSE) ################################################### ## htmlReport(qaTask.list[["MFIOverTime"]])<-TRUE ## rFunc(qaTask.list[["MFIOverTime"]])<-rlm ## scatterPar(qaTask.list[["MFIOverTime"]])<-list(xlog=TRUE) ## scatterPar(qaTask.list[["BoundaryEvents"]])<-list(xlog=TRUE) ## scatterPar(qaTask.list[["RedundantStain"]])<-list(xlog=TRUE) ## qpar(qaTask.list[["RedundantStain"]])<-list(scales=list(x=list(relation="free")))