### R code from vignette source 'vignettes/PICS/inst/doc/PICS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Loading PICS ################################################### library(PICS) ################################################### ### code chunk number 2: Reading the data ################################################### path<-system.file("extdata",package="PICS") dataIP<-read.table(file.path(path,"Treatment_tags_chr21_sort.bed"),header=TRUE, colClasses=c("factor","integer","integer","factor")) dataIP<-as(dataIP,"GRanges") dataCont<-read.table(file.path(path,"Input_tags_chr21_sort.bed"),header=TRUE ,colClasses=c("factor","integer","integer","factor")) dataCont<-as(dataCont,"GRanges") ################################################### ### code chunk number 3: Reading the mappability profile ################################################### map<-read.table(file.path(path,"mapProfileShort"),header=TRUE, colClasses=c("factor","integer","integer","NULL")) map<-as(map,"GRanges") ################################################### ### code chunk number 4: Genome segmentation ################################################### seg<-segmentPICS(dataIP, dataC=dataCont, map=map, minReads=1) ################################################### ### code chunk number 5: Cluster initialization ################################################### library(parallel) ################################################### ### code chunk number 6: PICS analysis ################################################### pics<-PICS(seg, nCores=2) ################################################### ### code chunk number 7: FDR estimation ################################################### segC<-segmentPICS(dataCont,dataC=dataIP,map=map,minReads=1) picsC<-PICS(segC) fdr<-picsFDR(pics,picsC,filter=list(delta=c(50,Inf),se=c(0,50), sigmaSqF=c(0,22500),sigmaSqR=c(0,22500))) ################################################### ### code chunk number 8: plot-FDR1 ################################################### plot(pics,picsC,xlim=c(2,8),ylim=c(0,.2),filter=list(delta=c(50,300), se=c(0,50),sigmaSqF=c(0,22500),sigmaSqR=c(0,22500)),type="l") ################################################### ### code chunk number 9: plot-FDR2 ################################################### plot(fdr[,c(3,1)]) ################################################### ### code chunk number 10: Create RangedData data object of enriched regions ################################################### myFilter=list(delta=c(50,300),se=c(0,50),sigmaSqF=c(0,22500),sigmaSqR=c(0,22500)) rdBed<-makeRangedDataOutput(pics,type="bed",filter=c(myFilter,list(score=c(1,Inf)))) ################################################### ### code chunk number 11: Create the bed file (eval = FALSE) ################################################### ## library(rtracklayer) ## export(rdBed,"myfile.bed") ################################################### ### code chunk number 12: Create the wig file (eval = FALSE) ################################################### ## rdBed<-makeRangedDataOutput(pics,type="wig",filter=c(myFilter,list(score=c(1,Inf)))) ## export(rdBed,"myfile.wig")