### R code from vignette source 'vignettes/MotIV/inst/doc/MotIV.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(prompt = " ", continue = " ", width = 85) ################################################### ### code chunk number 2: loading MotIV ################################################### library(MotIV) path <- system.file(package="MotIV") ################################################### ### code chunk number 3: Load the database ################################################### jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep="")) ################################################### ### code chunk number 4: Load database scores ################################################### jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep="")) ################################################### ### code chunk number 5: Read input PWM ################################################### example.motifs <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/example_motifs.txt",sep="")) ################################################### ### code chunk number 6: start the analysis ################################################### example.jaspar <- motifMatch(inputPWM=example.motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5) ################################################### ### code chunk number 7: Viewresults ################################################### summary(example.jaspar) viewAlignments(example.jaspar)[[1]] plot(example.jaspar[1:4],ncol=2,top=5, cex=0.8) ################################################### ### code chunk number 8: Viewresults ################################################### foxa1.filter <- setFilter(tfname="FOXA") ap1.filter <- setFilter(tfname="AP1") foxa1.ap1.filter <- foxa1.filter | ap1.filter example.filter <- filter(example.jaspar,foxa1.ap1.filter, exact=F) summary(example.filter) plot(example.filter,ncol=2,top=5) ################################################### ### code chunk number 9: loading MotIV package (eval = FALSE) ################################################### ## library(MotIV) ################################################### ### code chunk number 10: load DB ################################################### jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep="")) ################################################### ### code chunk number 11: generate scores (eval = FALSE) ################################################### ## jaspar.scores <- generateDBScores(inputDB=jaspar,cc="PCC",align="SWU",nRand=1000) ################################################### ### code chunk number 12: write scores (eval = FALSE) ################################################### ## writeDBScores(jaspar.scores,paste(path,"/extdata/jaspar_PCC_SWU.scores",sep="")) ################################################### ### code chunk number 13: read scores ################################################### jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep="")) ################################################### ### code chunk number 14: load gadem object ################################################### load(paste(path, "/data/FOXA1_rGADEM.rda", sep = "")) motifs <- getPWM(gadem) ################################################### ### code chunk number 15: load gadem file ################################################### motifs.gadem <- readGademPWMFile(paste(path,"/extdata/observedPWMs.txt",sep="")) ################################################### ### code chunk number 16: load transfac file ################################################### motifs.example <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/example_motifs.txt",sep="")) ################################################### ### code chunk number 17: trim input ################################################### motifs.trimed <- lapply(motifs,trimPWMedge, threshold=1) ################################################### ### code chunk number 18: motiv analysis ################################################### foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5) ################################################### ### code chunk number 19: motiv analysis shot ################################################### foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(motifs) ################################################### ### code chunk number 20: motiv summary ################################################### summary(foxa1.analysis.jaspar ) ################################################### ### code chunk number 21: setFilter ################################################### f.foxa1<- setFilter( tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5) f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3) ################################################### ### code chunk number 22: operators ################################################### f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1 ################################################### ### code chunk number 23: filter ################################################### foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 24: split ################################################### foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 25: combine ################################################### foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 26: motiv_plotMotiv ################################################### plot(foxa1.filter.combine ,ncol=2,top=5, rev=FALSE, main="Logo", bysim=TRUE) ################################################### ### code chunk number 27: motiv alignment ################################################### foxa1.alignment <- viewAlignments(foxa1.filter.combine ) print(foxa1.alignment[[1]] ) ################################################### ### code chunk number 28: motiv_plotDistribution ################################################### plot(foxa1.filter.combine ,gadem,ncol=2, type="distribution", correction=TRUE, group=FALSE, bysim=TRUE, strand=FALSE, sort=TRUE, main="Distribution of FOXA") ################################################### ### code chunk number 29: motiv_plotDistance ################################################### plot(foxa1.filter.combine ,gadem,type="distance", correction=TRUE, group=TRUE, bysim=TRUE, main="Distance between FOXA and AP-1", strand=FALSE, xlim=c(-100,100), bw=8) ################################################### ### code chunk number 30: rangedData ################################################### foxa1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["FOXA1"], gadem) ap1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["AP1"], gadem) ################################################### ### code chunk number 31: motiv save ################################################### save(foxa1.filter.combine, file="foxa1_analysis.rda") ################################################### ### code chunk number 32: motiv exportAsTransfacFile (eval = FALSE) ################################################### ## exportAsTransfacFile(foxa1.filter.combine, file="foxa1_analysis") ################################################### ### code chunk number 33: bedfile (eval = FALSE) ################################################### ## library(rtracklayer) ## export(foxa1.rd, file="FOXA.bed") ################################################### ### code chunk number 34: viewMotifs ################################################### viewMotifs(foxa1.filter.combine, n=5) ################################################### ### code chunk number 35: names ################################################### names(foxa1.filter.combine) ################################################### ### code chunk number 36: similar ################################################### similarity(foxa1.filter.combine) ################################################### ### code chunk number 37: select ################################################### foxa1.selected <- foxa1.filter.combine["FOXA1"] other.selected <- foxa1.filter.combine["FOXA1", drop=T] ################################################### ### code chunk number 38: select number ################################################### foxa1.names <- names(foxa1.filter.combine["FOXA1"]) sum(length(gadem[foxa1.names])) ################################################### ### code chunk number 39: as_data_frame ################################################### head(as.data.frame(foxa1.analysis.jaspar))