### R code from vignette source 'vignettes/ind1KG/inst/doc/nov09rv.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lkd1-1 ################################################### library(ind1KG) library(Rsamtools) ################################################### ### code chunk number 2: workaround ################################################### readPileup <- selectMethod("readPileup", "connection") ################################################### ### code chunk number 3: lkd1-2 ################################################### pup17 <- gzfile(system.file("pileups/n240_17.pup.gz", package="ind1KG")) c17p.i <- readPileup(pup17, variant="indel") levels(seqnames(c17p.i)) seqlevels(c17p.i) = gsub("17", "chr17", seqlevels(c17p.i)) c17p.i ################################################### ### code chunk number 4: li ################################################### library(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506) c6 <- getSNPlocs("chr6") head(c6, 5) ################################################### ### code chunk number 5: getg ################################################### library(org.Hs.eg.db) egid <- get("CDRT4", revmap(org.Hs.egSYMBOL)) kgid <- get(egid, org.Hs.egUCSCKG) library(GenomicFeatures) library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene) txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene txloc <- transcripts(txdb) cdrt4txloc <- txloc[elementMetadata(txloc)$tx_name %in% kgid] subsetByOverlaps(c17p.i, cdrt4txloc) ################################################### ### code chunk number 6: lkm ################################################### cdrt4txid <- as.character(elementMetadata(cdrt4txloc)$tx_id) cdrt4exloc <- exonsBy(txdb)[cdrt4txid] subsetByOverlaps(c17p.i, cdrt4exloc) ################################################### ### code chunk number 7: lkd ################################################### library(ind1KG) library(chopsticks) data(yri240_6) yri240_6$hm head(yri240_6$supp, 10) ################################################### ### code chunk number 8: lklu ################################################### library(lumiHumanIDMapping) con <- lumiHumanIDMapping_dbconn() dbListTables(con) dbGetQuery(con, "select * from HumanWG6_V1 limit 5") ################################################### ### code chunk number 9: ll ################################################### sessionInfo()