### R code from vignette source 'vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LibraryPreload ################################################### library(xcms) library(msdata) ################################################### ### code chunk number 2: RawFiles ################################################### mzdatapath <- system.file("iontrap", package = "msdata") list.files(mzdatapath, recursive = TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: FileIO ################################################### library(xcms) mzdatafiles <- list.files(mzdatapath, pattern="extracted.mzData", recursive = TRUE, full.names = TRUE) xraw <- xcmsRaw(mzdatafiles[1], includeMSn=TRUE) xraw ################################################### ### code chunk number 4: SpectraSelection ################################################### peaks <- findPeaks(xraw, method="MS1") ################################################### ### code chunk number 5: SpectraSelection ################################################### xs <- xcmsSet(mzdatafiles, method="MS1") xfrag <- xcmsFragments(xs) xfrag ################################################### ### code chunk number 6: TreePlot ################################################### plotTree(xfrag,xcmsFragmentPeakID=6) ################################################### ### code chunk number 7: TextTree ################################################### plotTree(xfrag,xcmsFragmentPeakID=6, textOnly=TRUE)