### R code from vignette source 'vignettes/rMAT/inst/doc/rMAT.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Loading rMAT ################################################### library(rMAT) ################################################### ### code chunk number 2: Reading the BPMAP File Header ################################################### pwd<-"" #INPUT FILES- BPMAP, ARRAYS, etc. path<- system.file("doc/Sc03b_MR_v04_10000.bpmap",package="rMAT") bpmapFile = paste(pwd, path, sep="") seqHeader <-ReadBPMAPAllSeqHeader(bpmapFile) #save the list of output contents to seqHeader print(seqHeader) # show its content ################################################### ### code chunk number 3: arrayFile ################################################### pathCEL<- system.file("doc/Swr1WTIP_Short.CEL",package="rMAT") arrayFile<-paste(pwd,c(pathCEL),sep="") ################################################### ### code chunk number 4: BPMAPCelParser ################################################### ScSet<-BPMAPCelParser(bpmapFile, arrayFile, verbose=FALSE,groupName="Sc") ################################################### ### code chunk number 5: Summary of Scset ################################################### summary(ScSet) ################################################### ### code chunk number 6: Normalize array by array ################################################### ScSetNorm<-NormalizeProbes(ScSet,method="MAT",robust=FALSE,all=FALSE,standard=TRUE,verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 7: Summary of ScSetNorm ################################################### summary(ScSetNorm) ################################################### ### code chunk number 8: COMPUTING rMAT SCORES ################################################### RD<-computeMATScore(ScSetNorm,cName=NULL, dMax=600, verbose=TRUE) Enrich<-callEnrichedRegions(RD,dMax=600, dMerge=300, nProbesMin=8, method="score", threshold=1, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 9: Reading library (eval = FALSE) ################################################### ## library(GenomeGraphs) ## library(rtracklayer) ################################################### ### code chunk number 10: rtracklayer annotation (eval = FALSE) ################################################### ## ## genome(Enrich)<-"sacCer2" ## names(Enrich)<-"chrI" ## ## #Viewing the targets ## session<- browserSession("UCSC") ## track(session,"toto") <- Enrich ## ## #Get the first feature ## subEnrich<-Enrich[2,] ## ## #View with GenomeBrowser ## view<- browserView(session,range(subEnrich) * -2) ################################################### ### code chunk number 11: Ensembl BioMart (eval = FALSE) ################################################### ## mart<-useMart("ensembl",dataset="scerevisiae_gene_ensembl") ################################################### ### code chunk number 12: Genome Axis (eval = FALSE) ################################################### ## genomeAxis<-makeGenomeAxis(add53 = TRUE, add35=TRUE) ## minbase<-1 ## maxbase<-50000 ################################################### ### code chunk number 13: Plotting Gene (eval = FALSE) ################################################### ## genesplus<-makeGeneRegion(start = minbase, end = maxbase, strand = "+", chromosome = "I", biomart = mart) ## genesmin<-makeGeneRegion(start = minbase, end = maxbase, strand = "-", chromosome = "I", biomart = mart) ################################################### ### code chunk number 14: MatScore for chromosome I (eval = FALSE) ################################################### ## RD1<-RD[space(RD)=="chr1",] ## Enrich1<-Enrich[space(Enrich)=="chr1",] ## MatScore<-makeGenericArray(intensity=as.matrix(score(RD1)), probeStart=start(RD1), dp=DisplayPars(size=1, color="black", type="l")) ## rectList<- makeRectangleOverlay(start = start(Enrich1), end = end(Enrich1), region = c(1, 4), dp = DisplayPars(color = "green", alpha = 0.1)) ################################################### ### code chunk number 15: rMAT.Rnw:206-207 (eval = FALSE) ################################################### ## gdPlot(list("score" = MatScore, "Gene +" = genesplus, Position = genomeAxis, "Gene -" = genesmin), minBase = minbase, maxBase = maxbase, labelCex = 1, overlays=rectList)